(Rで)塩基配列解析 (last modified 2024/12/04, since 2010)

#前処理(BiocManagerがなければインストール)
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=T))#BiocManagerパッケージがインストールされてなければ...
    install.packages("BiocManager")    #BiocManagerをインストールせよ
    
#本番1(CRANから提供されているパッケージ群)
BiocManager::install("ape", update=F)
BiocManager::install("bio3d", update=F)
BiocManager::install("blockmodeling", update=F)
BiocManager::install("bit", update=F)
BiocManager::install("cclust", update=F)
BiocManager::install("class", update=F)
BiocManager::install("cluster", update=F)
BiocManager::install("clValid", update=F)
BiocManager::install("corrplot", update=F)
BiocManager::install("data.table", update=F)
BiocManager::install("devtools", update=F)
BiocManager::install("dplyr", update=F)
BiocManager::install("DT", update=F)
BiocManager::install("e1071", update=F)
BiocManager::install("fansi", update=F)
BiocManager::install("ff", update=F)
BiocManager::install("fields", update=F)
BiocManager::install("FinePop", update=F)
BiocManager::install("FinePop2", update=F)
BiocManager::install("FIT", update=F)
BiocManager::install("fitdistrplus", update=F)
BiocManager::install("GeneCycle", update=F)
BiocManager::install("GGally", update=F)
BiocManager::install("glmnet", update=F)
BiocManager::install("gptk", update=F)
BiocManager::install("GSA", update=F)
BiocManager::install("heatmaply", update=F)
BiocManager::install("kernlab", update=F)
BiocManager::install("KernSmooth", update=F)
BiocManager::install("knitr", update=F)
BiocManager::install("mapdata", update=F)
BiocManager::install("maps", update=F)
BiocManager::install("MASS", update=F)
BiocManager::install("microseq", update=F)
BiocManager::install("mixOmics", update=F)
BiocManager::install("MVA", update=F)
BiocManager::install("openxlsx", update=F)
BiocManager::install("Peptides", update=F)
BiocManager::install("phateR", update=F)
BiocManager::install("plotly", update=F)
BiocManager::install("PoissonSeq", update=F)
BiocManager::install("pvclust", update=F)
BiocManager::install("qqman", update=F)
BiocManager::install("R6", update=F)
BiocManager::install("randomForest", update=F)
BiocManager::install("RColorBrewer", update=F)
BiocManager::install("rclipboard", update=F)
BiocManager::install("RCurl", update=F)
BiocManager::install("rentrez", update=F)
BiocManager::install("rgl", update=F)
BiocManager::install("rmarkdown", update=F)
BiocManager::install("rrBLUP", update=F)
BiocManager::install("Rtsne", update=F)
BiocManager::install("samr", update=F)
BiocManager::install("scatterplot3d", update=F)
BiocManager::install("seqinr", update=F)
BiocManager::install("shiny", update=F)
BiocManager::install("shinyBS", update=F)
BiocManager::install("shinycssloaders", update=F)
BiocManager::install("shinydashboard", update=F)
BiocManager::install("shinyWidgets", update=F)
BiocManager::install("som", update=F)
BiocManager::install("st", update=F)
BiocManager::install("survminer", update=F)
BiocManager::install("tidyverse", update=F)
BiocManager::install("umap", update=F)
BiocManager::install("varSelRF", update=F)
BiocManager::install("xfun", update=F)
BiocManager::install("zeallot", update=F)
BiocManager::install("zoo", update=F)

#本番2(Bioconductorから提供されているゲノム配列以外のパッケージ群)
BiocManager::install("affy", update=F)
BiocManager::install("agilp", update=F)
BiocManager::install("annotate", update=F)
BiocManager::install("ArrayExpress", update=F)
BiocManager::install("baySeq", update=F)
BiocManager::install("beadarray", update=F)
BiocManager::install("BeadDataPackR", update=F)
BiocManager::install("betr", update=F)
BiocManager::install("BHC", update=F)
BiocManager::install("biomaRt", update=F)
BiocManager::install("Biostrings", update=F)
BiocManager::install("BSgenome", update=F)
BiocManager::install("bsseq", update=F)
BiocManager::install("Category", update=F)
BiocManager::install("ChIPpeakAnno", update=F)
BiocManager::install("chipseq", update=F)
BiocManager::install("ChIPseqR", update=F)
BiocManager::install("ChIPsim", update=F)
BiocManager::install("clusterStab", update=F)
BiocManager::install("cosmo", update=F)
BiocManager::install("CSAR", update=F)
BiocManager::install("dada2", update=F)
BiocManager::install("DECIPHER", update=F)
BiocManager::install("DEGseq", update=F)
BiocManager::install("DESeq", update=F)
BiocManager::install("DESeq2", update=F)
BiocManager::install("DiffBind", update=F)
BiocManager::install("doMC", update=F)
BiocManager::install("EDASeq", update=F)
BiocManager::install("edgeR", update=F)
BiocManager::install("EGSEA", update=F)
BiocManager::install("EGSEAdata", update=F)
BiocManager::install("gage", update=F)
BiocManager::install("genefilter", update=F)
BiocManager::install("GenomicAlignments", update=F)
BiocManager::install("GenomicFeatures", update=F)
BiocManager::install("GEOquery", update=F)
BiocManager::install("ggplot2", update=F)
BiocManager::install("girafe", update=F)
BiocManager::install("GLAD", update=F)
BiocManager::install("golubEsets", update=F)
BiocManager::install("GSAR", update=F)
BiocManager::install("GSEABase", update=F)
BiocManager::install("GSVA", update=F)
BiocManager::install("GSVAdata", update=F)
BiocManager::install("Heatplus", update=F)
BiocManager::install("illuminaMousev2.db", update=F)
BiocManager::install("impute", update=F)
BiocManager::install("limma", update=F)
BiocManager::install("lumi", update=F)
BiocManager::install("marray", update=F)
BiocManager::install("maSigPro", update=F)
BiocManager::install("MBCluster.Seq", update=F)
BiocManager::install("MLSeq", update=F)
BiocManager::install("msa", update=F)
BiocManager::install("Mulcom", update=F)
BiocManager::install("multtest", update=F)
BiocManager::install("NOISeq", update=F)
BiocManager::install("htSeqTools", update=F)
BiocManager::install("NBPSeq", update=F)
BiocManager::install("OCplus", update=F)
BiocManager::install("org.Hs.eg.db", update=F)
BiocManager::install("parathyroidSE", update=F)
BiocManager::install("pathview", update=F)
BiocManager::install("pcaMethods", update=F)
BiocManager::install("pcot2", update=F)
BiocManager::install("pd.rat230.2", update=F)
BiocManager::install("PGSEA", update=F)
BiocManager::install("phyloseq", update=F)
BiocManager::install("PICS", update=F)
BiocManager::install("plier", update=F)
BiocManager::install("puma", update=F)
BiocManager::install("qrqc", update=F)
BiocManager::install("QuasR", update=F)
BiocManager::install("r3Cseq", update=F)
BiocManager::install("RankProd", update=F)
BiocManager::install("recount", update=F)
BiocManager::install("REDseq", update=F)
BiocManager::install("rMAT", update=F)
BiocManager::install("Rsamtools", update=F)
BiocManager::install("rtracklayer", update=F)
BiocManager::install("safe", update=F)
BiocManager::install("SAGx", update=F)
BiocManager::install("segmentSeq", update=F)
BiocManager::install("seqLogo", update=F)
BiocManager::install("ShortRead", update=F)
BiocManager::install("sigPathway", update=F)
BiocManager::install("SpeCond", update=F)
BiocManager::install("SPIA", update=F)
BiocManager::install("splatter", update=F)
BiocManager::install("SplicingGraphs", update=F)
BiocManager::install("SRAdb", update=F)
BiocManager::install("tweeDEseqCountData", update=F)
BiocManager::install("TCC", update=F)
BiocManager::install("topGO", update=F)
BiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene", update=F)
BiocManager::install("vsn", update=F)

#本番2.5(上記以外の手段でインストールするパッケージ)
#devtools::install_github("andrewsali/plotlyBars", upgrade=F)
#devtools::install_github("aroneklund/beeswarm", upgrade=F)
#no
#devtools::install_github("edwindj/ffbase", subdir="pkg", upgrade=F)
#no
#reticulate::py_install("phate", pip=TRUE)
#no

#本番3(Bioconductorから提供されているゲノム配列パッケージ群)
BiocManager::install("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38", update=F)#ヒトゲノム(hg38)
BiocManager::install("BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38", update=F)#ヒトゲノム(hg38)機能ゲノム学の講義で利用するため2022.05.11にコメントアウトを外した
############
	

#1回目
library(ape)
library(baySeq)
library(beeswarm)
library(bio3d)
library(biomaRt)
library(Biostrings)
library(bit)
library(BSgenome)
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38)
library(BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38)
library(cclust)
library(cluster)
library(clusterStab)
library(corrplot)
library(dada2)
library(data.table)
library(DESeq2)
library(devtools)
library(dplyr)
library(DT)
library(e1071)
library(edgeR)
library(ff)
library(fields)
library(FinePop)
library(FinePop2)
library(FIT)
library(fitdistrplus)
library(GenomicAlignments)
library(GenomicFeatures)
library(GGally)
library(ggplot2)
library(glmnet)
library(GSAR)
library(GSVA)
library(GSVAdata)
library(heatmaply)
library(KernSmooth)
library(knitr)
library(limma)
library(mapdata)
library(maps)
library(MASS)
library(MBCluster.Seq)
library(microseq)
library(msa)
library(MVA)
library(openxlsx)
library(org.Hs.eg.db)
library(pcaMethods)
library(Peptides)
library(phateR)
library(phyloseq)
library(plotly)
library(qqman)
library(qrqc)
library(QuasR)
library(R6)
library(randomForest)
library(RColorBrewer)
library(RCurl)
library(recount)
library(rgl)
library(rmarkdown)
library(rrBLUP)
library(Rsamtools)
library(rentrez)
library(rtracklayer)
library(Rtsne)
library(scatterplot3d)
library(seqinr)
library(seqLogo)
library(shiny)
library(shinydashboard)
library(shinyWidgets)
library(ShortRead)
library(som)
library(splatter)
library(SRAdb)
library(TCC)
library(tidyverse)
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
library(BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38)
library(umap)
library(zoo)

#2回目(ここの実行結果でエラーが出てなければOK)
library(ape)
library(baySeq)
library(beeswarm)
library(bio3d)
library(biomaRt)
library(Biostrings)
library(bit)
library(BSgenome)
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38)
library(cclust)
library(cluster)
library(clusterStab)
library(corrplot)
library(dada2)
library(data.table)
library(DESeq2)
library(devtools)
library(dplyr)
library(DT)
library(e1071)
library(edgeR)
library(ff)
library(fields)
library(FinePop)
library(FinePop2)
library(FIT)
library(fitdistrplus)
library(GenomicAlignments)
library(GenomicFeatures)
library(GGally)
library(ggplot2)
library(glmnet)
library(GSAR)
library(GSVA)
library(GSVAdata)
library(heatmaply)
library(KernSmooth)
library(knitr)
library(limma)
library(mapdata)
library(maps)
library(MASS)
library(MBCluster.Seq)
library(microseq)
library(msa)
library(MVA)
library(openxlsx)
library(org.Hs.eg.db)
library(pcaMethods)
library(phyloseq)
library(Peptides)
library(phateR)
library(plotly)
library(qqman)
library(qrqc)
library(QuasR)
library(R6)
library(randomForest)
library(RColorBrewer)
library(RCurl)
library(recount)
library(rgl)
library(rmarkdown)
library(rrBLUP)
library(Rsamtools)
library(rentrez)
library(rtracklayer)
library(Rtsne)
library(scatterplot3d)
library(seqinr)
library(seqLogo)
library(shiny)
library(shinydashboard)
library(shinyWidgets)
library(ShortRead)
library(som)
library(splatter)
library(SRAdb)
library(TCC)
library(tidyverse)
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
library(umap)
library(zoo)
############
	

param <- "BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7"#パッケージ名を指定

#本番
BiocManager::install(param, update=F)  #paramで指定したパッケージのインストール

#後処理(ウェブサイト上で見えているバージョンとの比較)
BiocManager::valid(param)              #TRUEはOK、too newでもまあOK、out-of-dateなら注意
packageVersion(param)                  #バージョン情報を表示
	

param <- "TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene"#パッケージ名を指定

#本番
BiocManager::install(param, update=F)  #paramで指定したパッケージのインストール

#後処理(ウェブサイト上で見えているバージョンとの比較)
BiocManager::valid(param)              #TRUEはOK、too newでもまあOK、out-of-dateなら注意
packageVersion(param)                  #バージョン情報を表示
	

param <- "TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene"#パッケージ名を指定

#本番
BiocManager::install(param, update=F)  #paramで指定したパッケージのインストール

#後処理(ウェブサイト上で見えているバージョンとの比較)
BiocManager::valid(param)              #TRUEはOK、too newでもまあOK、out-of-dateなら注意
packageVersion(param)                  #バージョン情報を表示
	

param <- "BSgenome.Celegans.UCSC.ce6"  #パッケージ名を指定

#本番
BiocManager::install(param, update=F)  #paramで指定したパッケージのインストール

#後処理(ウェブサイト上で見えているバージョンとの比較)
BiocManager::valid(param)              #TRUEはOK、too newでもまあOK、out-of-dateなら注意
packageVersion(param)                  #バージョン情報を表示
	

param <- "TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene"#パッケージ名を指定

#本番
BiocManager::install(param, update=F)  #paramで指定したパッケージのインストール

#後処理(ウェブサイト上で見えているバージョンとの比較)
BiocManager::valid(param)              #TRUEはOK、too newでもまあOK、out-of-dateなら注意
packageVersion(param)                  #バージョン情報を表示
	

param <- "BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805"#パッケージ名を指定

#本番
BiocManager::install(param, update=F)  #paramで指定したパッケージのインストール

#後処理(ウェブサイト上で見えているバージョンとの比較)
BiocManager::valid(param)              #TRUEはOK、too newでもまあOK、out-of-dateなら注意
packageVersion(param)                  #バージョン情報を表示
	

param <- "BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3"#パッケージ名を指定

#本番
BiocManager::install(param, update=F)  #paramで指定したパッケージのインストール

#後処理(ウェブサイト上で見えているバージョンとの比較)
BiocManager::valid(param)              #TRUEはOK、too newでもまあOK、out-of-dateなら注意
packageVersion(param)                  #バージョン情報を表示
	

param <- "BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2"#パッケージ名を指定

#本番
BiocManager::install(param, update=F)  #paramで指定したパッケージのインストール

#後処理(ウェブサイト上で見えているバージョンとの比較)
BiocManager::valid(param)              #TRUEはOK、too newでもまあOK、out-of-dateなら注意
packageVersion(param)                  #バージョン情報を表示
	

param <- "BSgenome.Osativa.MSU.MSU7"#パッケージ名を指定

#本番
BiocManager::install(param, update=F)  #paramで指定したパッケージのインストール

#後処理(ウェブサイト上で見えているバージョンとの比較)
BiocManager::valid(param)              #TRUEはOK、too newでもまあOK、out-of-dateなら注意
packageVersion(param)                  #バージョン情報を表示
	

in_f <- "annotation.txt"               #入力ファイル名(目的のタブ区切りテキストファイル)を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 5                             #ランダム抽出したい行数を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f, header=TRUE, sep="\t", quote="")#in_fで指定したファイルの読み込み
dim(data)                              #オブジェクトdataの行数と列数を表示

#本番
hoge <- sample(1:nrow(data), param, replace=F)#入力ファイルの行数からparamで指定した数だけ非復元抽出した結果をhogeに格納

out <- data[sort(hoge),]               #hogeで指定した行のみ抽出した結果をoutに格納
dim(out)                               #オブジェクトoutの行数と列数を表示

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "annotation.txt"               #入力ファイル名(目的のタブ区切りテキストファイル)を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 5                             #ランダム抽出したい行数を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f, header=FALSE, sep="\t", quote="")#in_fで指定したファイルの読み込み
dim(data)                              #オブジェクトdataの行数と列数を表示

#本番
hoge <- sample(1:nrow(data), param, replace=F)#入力ファイルの行数からparamで指定した数だけ非復元抽出した結果をhogeに格納
out <- data[sort(hoge),]               #hogeで指定した行のみ抽出した結果をoutに格納
dim(out)                               #オブジェクトoutの行数と列数を表示

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F, col.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "human_annotation_sub.gtf"     #入力ファイル名(目的のタブ区切りテキストファイル)を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "chr"                         #挿入したい文字列を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f, header=FALSE, sep="\t", quote="")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番(文字列挿入)
data[,1] <- paste(param, data[,1], sep="")#dataオブジェクトの1列目の左側にparamで指定した文字列を挿入

#ファイルに保存
write.table(data, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F, col.names=F)#dataの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "annotation.txt"              #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "genelist1.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 1                             #アノテーションファイル中の検索したい列番号を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f1, header=TRUE, sep="\t", quote="")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
dim(data)                              #オブジェクトdataの行数と列数を表示

#本番
obj <- is.element(as.character(data[,param]), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- data[obj,]                      #objがTRUEとなる行のみ抽出した結果をoutに格納
dim(out)                               #オブジェクトoutの行数と列数を表示

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "annotation.txt"              #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "genelist2.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 1                             #アノテーションファイル中の検索したい列番号を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f1, header=TRUE, sep="\t", quote="")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番
obj <- is.element(as.character(data[,param]), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- data[obj,]                      #objがTRUEとなる行のみ抽出した結果をoutに格納

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "annotation.txt"              #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "genelist2.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 3                             #アノテーションファイル中の検索したい列番号を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f1, header=TRUE, sep="\t", quote="")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番
obj <- is.element(as.character(data[,param]), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- data[obj,]                      #objがTRUEとなる行のみ抽出した結果をoutに格納

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "annotation.txt"              #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "genelist1.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge4.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f1)               #in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番(リストファイル中の要素数分だけループを回して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得て、その行のみ出力)
keywords <- unique(keywords)           #リストファイル中の要素が重複している可能性があるので、重複なしの状態にしている
hoge <- NULL                           #最終的に欲しい行番号情報を格納するためのプレースホルダ
for(i in 1:length(keywords)){          #length(keywords)で表現される要素数分だけループを回す
    hoge <- c(hoge, c(grep(keywords[i], data)))#リストファイル中の要素ごとに検索をかけて要素中の文字列と一致する行番号情報をhogeにどんどん格納している
    if(i%%10 == 0) cat(i, "/", length(keywords), "finished\n")#進行状況を表示させてるだけ
}
hoge <- unique(hoge)                   #得られるhogeベクトルは重複している可能性があるので重複を除いている
out <- data[hoge]                      #hogeで指定したもののみ抽出した結果をoutに格納(dataオブジェクトは行列ではないことに注意！)

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存

#以下は（こんなこともできますという）おまけ
#リストファイル中にあるキーワードごとに、それが見つかった行番号情報を出力
out_f2 <- "hoge4_hoge.txt"             #出力ファイル名を指定してout_fに格納
hoge2 <- NULL                          #欲しい行番号情報をリスト形式で格納するためのプレースホルダ
for(i in 1:length(keywords)){          #length(keywords)で表現される要素数分だけループを回す
    hoge2 <- c(hoge2, list(grep(keywords[i], data)))#リストファイル中の要素ごとに検索をかけて要素中の文字列と一致する行番号情報を(キーワードごとに取り扱うため)リスト形式でhoge2にどんどん格納している
}
hoge3 <- sapply(hoge2, paste, collapse="\t")#hoge2はリスト形式になっているので、リストの各成分中の要素を"\t"で結合し、成分数が要素数になるようなベクトルhoge3を作成している(出力に用いるwriteLines関数がベクトル中の一要素を一行で出力する仕様になっている。それに合わせるための小細工です)
hoge4 <- paste(keywords, hoge3, sep="\t")#一番左側が検索に用いたリストファイル中のキーワードになるようなベクトルhoge4を作成
writeLines(hoge4, out_f2)              #hoge4の中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "annotation.txt"              #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "genelist1.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge5.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 1                            #アノテーションファイル中の検索したい列番号を指定
param2 <- 4                            #出力したい列番号を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f1, header=TRUE, sep="\t", quote="")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番
obj <- is.element(as.character(data[,param1]), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- data[obj, param2]               #objがTRUEとなる行の(param2)列目の情報のみ抽出した結果をoutに格納

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F, col.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "annotation.txt"              #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "genelist1.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge6.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f1)               #in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番(リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得て、その行のみ出力)
keywords <- unique(keywords)           #リストファイル中の要素が重複している可能性があるので、重複なしの状態にしている
hoge <- sapply(keywords, grep, x=data) #リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得ている
hoge <- unique(unlist(hoge))           #得られるhogeベクトルは重複している可能性があるので重複を除いている
out <- data[hoge]                      #hogeで指定したもののみ抽出した結果をoutに格納(dataオブジェクトは行列ではないことに注意！)

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "GPL1355-14795.txt"           #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "result_rankprod_BAT_id.txt"  #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge7.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f1)               #in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番(リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得て、その行のみ出力)
keywords <- unique(keywords)           #リストファイル中の要素が重複している可能性があるので、重複なしの状態にしている
hoge <- sapply(keywords, grep, x=data) #リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得ている
hoge <- unique(unlist(hoge))           #得られるhogeベクトルは重複している可能性があるので重複を除いている
out <- data[hoge]                      #hogeで指定したもののみ抽出した結果をoutに格納(dataオブジェクトは行列ではないことに注意！)

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "GPL1355-14795.txt"           #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "result_rankprod_BAT_id.txt"  #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge8.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f1)               #in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番(リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得て、その行のみ出力)
keywords <- unique(keywords)           #リストファイル中の要素が重複している可能性があるので、重複なしの状態にしている
hoge <- sapply(paste("^", keywords, sep=""), grep, x=data)#リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得ている
hoge <- unique(unlist(hoge))           #得られるhogeベクトルは重複している可能性があるので重複を除いている
out <- data[hoge]                      #hogeで指定したもののみ抽出した結果をoutに格納(dataオブジェクトは行列ではないことに注意！)

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "GPL1355-14795.txt"           #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "result_rankprod_BAT_id.txt"  #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge9.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 13                            #出力したい列番号を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f1)               #in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番(リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得て、その行のみ出力)
keywords <- unique(keywords)           #リストファイル中の要素が重複している可能性があるので、重複なしの状態にしている
hoge <- sapply(paste("^", keywords, sep=""), grep, x=data)#リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得ている
hoge <- unique(hoge)                   #得られるhogeベクトルは重複している可能性があるので重複を除いている
hoge2 <- data[hoge]                    #ベクトルdataからobjがTRUEとなる要素のみを抽出した結果をhoge2に格納(dataオブジェクトは行列ではないことに注意！)
hoge3 <- strsplit(hoge2, "\t")         #hoge2ベクトル中の各要素を「タブ(\t)」で区切って分割した結果をhoge3に格納
out <- unlist(lapply(hoge3, "[[", param))#hoge3のリスト中の(param)番目の要素のみ抽出した結果outに格納

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "GPL1355-14795.txt"           #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "result_rankprod_BAT_id.txt"  #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge10.txt"                  #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 13                            #出力したい列番号を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f1)               #in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
keywords <- unique(keywords)           #リストファイル中の要素が重複している可能性があるので、重複なしの状態にしている

#アノテーション情報ファイル中で"#"から始まる行を除いて(param)列目の情報を抽出している
hoge <- grep("^#", data)               #正規表現で"#"から始まる行の位置情報を抽出してhogeに格納
data <- data[-hoge]                    #ベクトルdataからhoge中の数値に対応する要素の除いた結果をdataに格納
hoge1 <- strsplit(data, "\t")          #dataベクトル中の各要素を「タブ(\t)」で区切って分割した結果をhoge1に格納
hoge2 <- unlist(lapply(hoge1, "[[", param))#hoge1のリスト中の(param)番目の要素のみ抽出してhoge2に格納
names(hoge2) <- unlist(lapply(hoge1, "[[", 1))#hoge1のリスト中の1番目の要素が遺伝子IDと対応するので、これをhoge2のnames属性として割り当てる

#本番(keywords中の要素に対応するRefSeq IDを取得)
hoge3 <- hoge2[keywords]               #hoge2ベクトルの中から、names(hoge2)がkeywordsと一致するものを抽出してhoge3に格納
out <- unique(hoge3)                   #重複を除去している

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "GPL1355-14795.txt"           #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "result_rankprod_BAT_id.txt"  #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f1 <- "result_rankprod_BAT_RefSeq_DEG.txt"#出力ファイル名1を指定
out_f2 <- "result_rankprod_BAT_RefSeq_nonDEG.txt"#出力ファイル名2を指定
param <- 13                            #出力したい列番号を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f1)               #in_f1で指定したファイルの読み込み
geneid_DEG <- readLines(in_f2)         #in_f2で指定したファイルの読み込み

#アノテーション情報ファイル中で"#"から始まる行を除いて(param)列目の情報を抽出している
hoge <- grep("^#", data)               #正規表現で"#"から始まる行の位置情報を抽出してhogeに格納
data <- data[-hoge]                    #ベクトルdataからhoge中の数値に対応する要素の除いた結果をdataに格納
hoge1 <- strsplit(data, "\t")          #dataベクトル中の各要素を「タブ(\t)」で区切って分割した結果をhoge1に格納
hoge2 <- unlist(lapply(hoge1, "[[", param))#hoge1のリスト中の(param)番目の要素のみ抽出してhoge2に格納
names(hoge2) <- unlist(lapply(hoge1, "[[", 1))#hoge1のリスト中の1番目の要素が遺伝子IDと対応するので、これをhoge2のnames属性として割り当てる

#本番
tmp_DEG <- unique(hoge2[geneid_DEG])   #hoge2ベクトルの中から、names(hoge2)がgeneid_DEGと一致するものを抽出し、重複を除いてtmp_DEGに格納
geneid_nonDEG <- setdiff(names(hoge2), geneid_DEG)#読み込んだ遺伝子IDリストファイル中のID以外のものをgeneid_nonDEGに格納
tmp_nonDEG <- unique(hoge2[geneid_nonDEG])#hoge2ベクトルの中から、names(hoge2)がgeneid_nonDEGと一致するものを抽出し、重複を除いてtmp_nonDEGに格納

common <- intersect(tmp_DEG, tmp_nonDEG)#tmp_DEGとtmp_nonDEGベクトル間の積集合をcommonに格納
out_DEG <- setdiff(tmp_DEG, common)    #tmp_DEGとcommon間の差集合をout_DEGに格納
out_nonDEG <- setdiff(tmp_nonDEG, common)#tmp_nonDEGとcommon間の差集合をout_nonDEGに格納

#ファイルに保存
writeLines(out_DEG, out_f1)            #out_DEGの中身を指定したファイル名で保存
writeLines(out_nonDEG, out_f2)         #out_nonDEGの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "annotation.txt"               #入力ファイル名を指定してin_fに格納(アノテーションファイル)
out_f <- "hoge12.txt"                  #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 1                            #アノテーションファイル中の検索したい列番号を指定
param2 <- c("gene1", "gene7", "gene9") #検索したい文字列を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f, header=TRUE, sep="\t", quote="")#in_fで指定したファイルの読み込み
dim(data)                              #オブジェクトdataの行数と列数を表示

#本番
obj <- is.element(as.character(data[,param1]), param2)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- data[obj,]                      #objがTRUEとなる行のみ抽出した結果をoutに格納
dim(out)                               #オブジェクトoutの行数と列数を表示

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "annotation2.txt"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納(アノテーションファイル)
out_f <- "hoge13.txt"                  #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 1                            #アノテーションファイル中の検索したい列番号を指定
param2 <- c("gene1", "gene7", "gene9") #検索したい文字列を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f, header=F, sep="\t", quote="")#in_fで指定したファイルの読み込み
dim(data)                              #オブジェクトdataの行数と列数を表示

#本番
obj <- is.element(as.character(data[,param1]), param2)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- data[obj,]                      #objがTRUEとなる行のみ抽出した結果をoutに格納
dim(out)                               #オブジェクトoutの行数と列数を表示

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F, col.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "Lactobacillus_casei_12a.GCA_000309565.2.25.chromosome.Chromosome.gff3"#入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge14.txt"                  #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "ID=gene"                     #検索したい文字列を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f)                #in_fで指定したファイルの読み込み
length(data)                           #オブジェクトdataの要素数を表示

#本番(paramで指定した文字列と一致する行番号情報を得て、その行のみ出力)
hoge <- sapply(param, grep, x=data)    #paramで指定した文字列と一致する行番号情報を得ている
hoge <- unique(unlist(hoge))           #得られるhogeベクトルは重複している可能性があるので重複を除いている
out <- data[hoge]                      #hogeで指定したもののみ抽出した結果をoutに格納(dataオブジェクトは行列ではないことに注意！)
length(out)                            #オブジェクトoutの要素数を表示

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "annotation.gff"               #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge15.txt"                  #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "CDS"                         #検索したい文字列を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f)                #in_fで指定したファイルの読み込み
length(data)                           #オブジェクトdataの要素数を表示

#本番(paramで指定した文字列と一致する行番号情報を得て、その行のみ出力)
hoge <- sapply(param, grep, x=data)    #paramで指定した文字列と一致する行番号情報を得ている
hoge <- unique(unlist(hoge))           #得られるhogeベクトルは重複している可能性があるので重複を除いている
out <- data[hoge]                      #hogeで指定したもののみ抽出した結果をoutに格納(dataオブジェクトは行列ではないことに注意！)
length(out)                            #オブジェクトoutの要素数を表示

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

param_len_ref <- 50                    #配列長を指定
narabi <- c("A","C","G","T")           #以下の数値指定時にACGTの並びを間違えないようにするために表示(内部的にも使用してます)
param_composition <- c(20, 30, 30, 20) #(A,C,G,Tの並びで)各塩基の存在比率を指定

#本番(リファレンス配列生成)
ACGTset <- rep(narabi, param_composition)#narabi中の塩基がparam_compositionで指定した数だけ存在する文字列ベクトルACGTsetを作成
reference <- paste(sample(ACGTset, param_len_ref, replace=T), collapse="")#ACGTsetからparam_len_ref回分だけ復元抽出して得られた塩基配列をreferenceに格納
reference                              #確認してるだけです
	

out_f <- "hoge2.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_len_ref <- 70                    #配列長を指定
narabi <- c("A","C","G","T")           #以下の数値指定時にACGTの並びを間違えないようにするために表示(内部的にも使用してます)
param_composition <- c(23, 27, 28, 22) #(A,C,G,Tの並びで)各塩基の存在比率を指定
param_desc <- "kkk"                    #FASTA形式ファイルのdescription行に記述する内容

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#本番(配列生成)
ACGTset <- rep(narabi, param_composition)#narabi中の塩基がparam_compositionで指定した数だけ存在する文字列ベクトルACGTsetを作成
reference <- paste(sample(ACGTset, param_len_ref, replace=T), collapse="")#ACGTsetからparam_len_ref回分だけ復元抽出して得られた塩基配列をreferenceに格納
reference                              #確認してるだけです

#本番(FASTA形式に変換)
fasta <- DNAStringSet(reference)       #DNA塩基配列だと認識させるDNAStringSet関数を適用した結果をfastaに格納
names(fasta) <- param_desc             #description行に相当する記述を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge3.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_len_ref <- c(24, 103, 65)        #配列長を指定
narabi <- c("A","C","G","T")           #以下の数値指定時にACGTの並びを間違えないようにするために表示(内部的にも使用してます)
param_composition <- c(20, 30, 30, 20) #(A,C,G,Tの並びで)各塩基の存在比率を指定
param_desc <- "contig"                 #FASTA形式ファイルのdescription行に記述する内容

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#本番(配列生成)
ACGTset <- rep(narabi, param_composition)#narabi中の塩基がparam_compositionで指定した数だけ存在する文字列ベクトルACGTsetを作成
hoge <- NULL                           #hogeというプレースホルダの作成
for(i in 1:length(param_len_ref)){     #length(param_len_ref)で表現される配列数分だけループを回す
    hoge <- c(hoge, paste(sample(ACGTset, param_len_ref[i], replace=T), collapse=""))#ACGTsetの文字型ベクトルからparam_len_ref[i]回分だけ復元抽出して得られた塩基配列をhogeに格納
}

#本番(FASTA形式に変換)
fasta <- DNAStringSet(hoge)            #DNA塩基配列だと認識させるDNAStringSet関数を適用した結果をfastaに格納
names(fasta) <- paste(param_desc, 1:length(hoge), sep="_")#description行に相当する記述を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "seq_length.txt"               #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge4.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
narabi <- c("A","C","G","T")           #以下の数値指定時にACGTの並びを間違えないようにするために表示(内部的にも使用してます)
param_composition <- c(26, 27, 24, 23) #(A,C,G,Tの並びで)各塩基の存在比率を指定
param_desc <- "contig"                 #FASTA形式ファイルのdescription行に記述する内容

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
param_len_ref <- readLines(in_f)       #in_fで指定したファイルの読み込み

#本番(配列生成)
ACGTset <- rep(narabi, param_composition)#narabi中の塩基がparam_compositionで指定した数だけ存在する文字列ベクトルACGTsetを作成
hoge <- NULL                           #hogeというプレースホルダの作成
for(i in 1:length(param_len_ref)){     #length(param_len_ref)で表現される配列数分だけループを回す
    hoge <- c(hoge, paste(sample(ACGTset, param_len_ref[i], replace=T), collapse=""))#ACGTsetの文字型ベクトルからparam_len_ref[i]回分だけ復元抽出して得られた塩基配列をhogeに格納
}

#本番(FASTA形式に変換)
fasta <- DNAStringSet(hoge)            #DNA塩基配列だと認識させるDNAStringSet関数を適用した結果をfastaに格納
names(fasta) <- paste(param_desc, 1:length(hoge), sep="_")#description行に相当する記述を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge5.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_len_ref <- c(48, 160, 100, 123)  #配列長を指定
narabi <- c("A","C","G","T")           #以下の数値指定時にACGTの並びを間違えないようにするために表示(内部的にも使用してます)
param_composition <- c(28, 22, 26, 24) #(A,C,G,Tの並びで)各塩基の存在比率を指定
param_desc <- "chr"                    #FASTA形式ファイルのdescription行に記述する内容

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#本番(配列生成)
set.seed(1000)                         #おまじない(同じ乱数になるようにするため)
ACGTset <- rep(narabi, param_composition)#narabi中の塩基がparam_compositionで指定した数だけ存在する文字列ベクトルACGTsetを作成
hoge <- NULL                           #hogeというプレースホルダの作成
for(i in 1:length(param_len_ref)){     #length(param_len_ref)で表現される配列数分だけループを回す
    hoge <- c(hoge, paste(sample(ACGTset, param_len_ref[i], replace=T), collapse=""))#ACGTsetの文字型ベクトルからparam_len_ref[i]回分だけ復元抽出して得られた塩基配列をhogeに格納
}

#本番(FASTA形式に変換)
fasta <- DNAStringSet(hoge)            #DNA塩基配列だと認識させるDNAStringSet関数を適用した結果をfastaに格納
names(fasta) <- paste(param_desc, 1:length(hoge), sep="_")#description行に相当する記述を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge6.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_len_ref <- c(48, 160, 100, 123)  #配列長を指定
narabi <- c("A","C","G","T")           #以下の数値指定時にACGTの並びを間違えないようにするために表示(内部的にも使用してます)
param_composition <- c(28, 22, 26, 24) #(A,C,G,Tの並びで)各塩基の存在比率を指定
param_desc <- "chr"                    #FASTA形式ファイルのdescription行に記述する内容

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#塩基置換関数の作成
enkichikan <- function(fa, p) {        #関数名や引数の作成
  t <- substring(fa, p, p)             #置換したい位置の塩基を取りだす
  t_c <- chartr("CGAT", "GCTA", t)     #置換後の塩基を作成
  substring(fa, p, p) <- t_c           #置換
  return(fa)                           #置換後のデータを返す
}

#本番(配列生成)
set.seed(1000)                         #おまじない(同じ乱数になるようにするため)
ACGTset <- rep(narabi, param_composition)#narabi中の塩基がparam_compositionで指定した数だけ存在する文字列ベクトルACGTsetを作成
hoge <- NULL                           #hogeというプレースホルダの作成
for(i in 1:length(param_len_ref)){     #length(param_len_ref)で表現される配列数分だけループを回す
    hoge <- c(hoge, paste(sample(ACGTset, param_len_ref[i], replace=T), collapse=""))#ACGTsetの文字型ベクトルからparam_len_ref[i]回分だけ復元抽出して得られた塩基配列をhogeに格納
}

#本番(chr3の配列をchr5としてコピーし、2番目と7番目の塩基をそれぞれ置換)
hoge <- c(hoge, hoge[3])               #chr3に相当する配列を追加している
hoge[5] <- enkichikan(hoge[5], 2)      #hoge[5]の2番目の塩基を置換
hoge[5] <- enkichikan(hoge[5], 7)      #hoge[5]の7番目の塩基を置換

#本番(FASTA形式に変換)
fasta <- DNAStringSet(hoge)            #DNA塩基配列だと認識させるDNAStringSet関数を適用した結果をfastaに格納
names(fasta) <- paste(param3, 1:length(hoge), sep="_")#description行に相当する記述を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_kmer <- 3                        #k-merのkの値を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#本番
out <- mkAllStrings(c("A", "C", "G", "T"), param_kmer)#k連続塩基の全ての可能な配列情報をoutに格納

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_kmer <- 5                        #k-merのkの値を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#本番
out <- mkAllStrings(c("A", "C", "G", "T"), param_kmer)#k連続塩基の全ての可能な配列情報をoutに格納

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample1.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 5                            #置換したい塩基の位置を指定
param2 <- "G"                          #置換後の塩基を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです
hoge <- as.character(fasta)            #文字列に置換

#本番
substring(hoge, param1, param1) <- param2#param1で指定した位置の塩基をparam2で指定した塩基に置換
hoge <- DNAStringSet(hoge)             #DNAStringSetオブジェクトに変換した結果をhogeに格納
names(hoge) <- names(fasta)            #description部分の情報に相当するnames(fasta)をnames(hoge)に格納している
fasta <- hoge                          #hogeの中身をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample2.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 5                            #置換したい塩基の位置を指定
param2 <- "G"                          #置換後の塩基を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです
hoge <- as.character(fasta)            #文字列に置換

#本番
substring(hoge, param1, param1) <- param2#param1で指定した位置の塩基をparam2で指定した塩基に置換
hoge <- DNAStringSet(hoge)             #DNAStringSetオブジェクトに変換した結果をhogeに格納
names(hoge) <- names(fasta)            #description部分の情報に相当するnames(fasta)をnames(hoge)に格納している
fasta <- hoge                          #hogeの中身をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample2.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 5                            #置換したい塩基の位置を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#塩基置換関数の作成
DNAString_chartr <- function(fa, p) {  #関数名や引数の作成
  str_list <- as.character(fa)         #文字列に変更
  t <- substring(str_list, p, p)       #置換したい位置の塩基を取りだす
  t_c <- chartr("CGAT", "GCTA", t)     #置換後の塩基を作成
  substring(str_list, p, p) <- t_c     #置換
  fa_r <- DNAStringSet(str_list)       #DNAStringSetオブジェクトに戻す
  names(fa_r) <- names(fa)             #description部分の情報を追加
  return(fa_r)                         #置換後のデータを返す
}

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- DNAString_chartr(fasta, param1)#param1で指定した位置の塩基置換を実行した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample1.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- c(3, 9)                       #抽出したい範囲の始点と終点を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- subseq(fasta, param[1], param[2])#paramで指定した始点と終点の範囲の配列を抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "NM_203348.1"                #取得したい配列のアクセッション番号を指定
param2 <- c(2, 5)                      #抽出したい範囲の始点と終点を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- as.logical(names(fasta) == param1)        #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- subseq(fasta[obj], param2[1], param2[2])#objがTRUEとなる配列のみに対して、param2で指定した始点と終点の範囲の配列を抽出した結果をfasta格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "h_rna.fasta"                 #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub1.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge3.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
posi <- read.table(in_f2)              #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge <- NULL                           #最終的に得る結果を格納するためのプレースホルダhogeを作成しているだけ
for(i in 1:nrow(posi)){                #length(posi)回だけループを回す
    obj <- names(fasta) == posi[i,1]   #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
    hoge <- append(hoge, subseq(fasta[obj], start=posi[i,2], end=posi[i,3]))#subseq関数を用いてobjがTRUEとなるもののみに対して、posi[i,2]とposi[i,3]で与えた範囲に対応する部分配列を抽出した結果をhogeにどんどん格納している
}
fasta <- hoge                          #hogeの中身をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "hoge4.fa"                    #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub2.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge4.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
posi <- read.table(in_f2)              #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge <- NULL                           #最終的に得る結果を格納するためのプレースホルダhogeを作成しているだけ
for(i in 1:nrow(posi)){                #length(posi)回だけループを回す
    obj <- names(fasta) == posi[i,1]   #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
    hoge <- append(hoge, subseq(fasta[obj], start=posi[i,2], end=posi[i,3]))#subseq関数を用いてobjがTRUEとなるもののみに対して、posi[i,2]とposi[i,3]で与えた範囲に対応する部分配列を抽出した結果をhogeにどんどん格納している
}
fasta <- hoge                          #hogeの中身をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "ref_genome.fa"               #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub3.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge5.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
posi <- read.table(in_f2)              #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge <- NULL                           #最終的に得る結果を格納するためのプレースホルダhogeを作成しているだけ
for(i in 1:nrow(posi)){                #length(posi)回だけループを回す
  obj <- names(fasta) == posi[i,1]     #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
  tmp <- subseq(fasta[obj], start=posi[i,2], end=posi[i,3])#subseq関数を用いてobjがTRUEとなるもののみに対して、posi[i,2]とposi[i,3]で与えた範囲に対応する部分配列を抽出した結果をtmpに格納
  hoge <- append(hoge, tmp)            #tmpの情報をhogeに追加で格納
}
fasta <- hoge                          #hogeの中身をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#後処理(description部分の作成)
description <- paste(posi[,1], posi[,2], posi[,3], sep="_")#行列posiの各列を"_"で結合したものをdescriptionに格納
names(fasta) <- description            #description行に相当する記述を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "genome.fna"                  #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_20190513.txt"           #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge6.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
posi <- read.table(in_f2)              #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge <- NULL                           #最終的に得る結果を格納するためのプレースホルダhogeを作成しているだけ
for(i in 1:nrow(posi)){                #length(posi)回だけループを回す
  obj <- names(fasta) == posi[i,1]     #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
  tmp <- subseq(fasta[obj], start=posi[i,2], end=posi[i,3])#subseq関数を用いてobjがTRUEとなるもののみに対して、posi[i,2]とposi[i,3]で与えた範囲に対応する部分配列を抽出した結果をtmpに格納
  hoge <- append(hoge, tmp)            #tmpの情報をhogeに追加で格納
}
fasta <- hoge                          #hogeの中身をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#後処理(description部分の作成)
description <- paste(posi[,1], posi[,2], posi[,3], sep="_")#行列posiの各列を"_"で結合したものをdescriptionに格納
names(fasta) <- description            #description行に相当する記述を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "genome.fna"                  #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_20190513_strand.txt"    #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge7.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
posi <- read.table(in_f2)              #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge <- NULL                           #最終的に得る結果を格納するためのプレースホルダhogeを作成しているだけ
for(i in 1:nrow(posi)){                #length(posi)回だけループを回す
  obj <- names(fasta) == posi[i,1]     #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
  tmp <- subseq(fasta[obj], start=posi[i,2], end=posi[i,3])#subseq関数を用いてobjがTRUEとなるもののみに対して、posi[i,2]とposi[i,3]で与えた範囲に対応する部分配列を抽出した結果をtmpに格納
  if(posi[i,4] == "-"){tmp <- reverseComplement(tmp)}#ストランドが"-"の場合は逆相補鎖にする
  hoge <- append(hoge, tmp)            #tmpの情報をhogeに追加で格納
}
fasta <- hoge                          #hogeの中身をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#後処理(description部分の作成)
description <- paste(posi[,1], posi[,2], posi[,3], sep="_")#行列posiの各列を"_"で結合したものをdescriptionに格納
names(fasta) <- description            #description行に相当する記述を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "NM_203348.1"                #取得したい配列のアクセッション番号を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- as.logical(names(fasta) == param1)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "NM_203348"                  #取得したい配列のアクセッション番号を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- as.logical(names(fasta) == param1)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "NM_203348.1 "               #取得したい配列のアクセッション番号を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- as.logical(names(fasta) == param1)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "h_rna.fasta"                 #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub5.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge4.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- is.element(names(fasta), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "h_rna.fasta"                 #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub6.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge5.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- is.element(names(fasta), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "hoge4.fa"                    #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub7.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge6.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- is.element(names(fasta), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "ref_genome.fa"               #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub8.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge7.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- is.element(names(fasta), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "ref_genome_redun.fa"         #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub8.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge8.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- is.element(names(fasta), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "ref_genome_redun.fa"         #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub8.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge9.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- is.element(names(fasta), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです
fasta <- unique(fasta)                 #重複を除いてnon-redundantにした結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "ref_genome_redun.fa"         #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub8.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge10.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み
library(seqinr)                        #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込みとDNAStringSet形式への変換
hoge <- read.fasta(in_f, seqtype="DNA", as.string=TRUE)#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta <- DNAStringSet(as.character(hoge))#型変換
names(fasta) <- names(hoge)            #型変換
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- is.element(names(fasta), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです
fasta <- unique(fasta)                 #重複を除いてnon-redundantにした結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample1.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- translate(fasta)              #アミノ酸配列に翻訳した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample4.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- translate(fasta)              #アミノ酸配列に翻訳した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample4.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#前処理(ACGTのみからなる配列を抽出)
#hoge <- rowSums(alphabetFrequency(fasta)[,1:4])#A,C,G,T,..の数を配列ごとにカウントした結果をhogeに格納(2015年9月12日以前の記述)
hoge <- apply(as.matrix(alphabetFrequency(fasta)[,1:4]), 1, sum)#A,C,G,Tの総数を計算してhogeに格納(2015年9月12日以降の記述)
obj <- (width(fasta) == hoge)          #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる要素のみ抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- translate(fasta)              #アミノ酸配列に翻訳した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge4.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- translate(fasta)              #アミノ酸配列に翻訳した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge5.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#前処理(ACGTのみからなる配列を抽出)
#hoge <- rowSums(alphabetFrequency(fasta)[,1:4])#A,C,G,T,..の数を配列ごとにカウントした結果をhogeに格納(2015年9月12日以前の記述)
hoge <- apply(as.matrix(alphabetFrequency(fasta)[,1:4]), 1, sum)#A,C,G,Tの総数を計算してhogeに格納(2015年9月12日以降の記述)
obj <- (width(fasta) == hoge)          #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる要素のみ抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- translate(fasta)              #アミノ酸配列に翻訳した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge6.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#前処理(ACGTのみからなる配列を抽出)
hoge <- rowSums(alphabetFrequency(fasta)[,1:4])#A,C,G,T,..の数を配列ごとにカウントした結果をhogeに格納
obj <- (width(fasta) == hoge)          #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる要素のみ抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- translate(fasta, genetic.code=GENETIC_CODE)#アミノ酸配列に翻訳した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge7.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#前処理(ACGTのみからなる配列を抽出)
#hoge <- rowSums(alphabetFrequency(fasta)[,1:4])#A,C,G,T,..の数を配列ごとにカウントした結果をhogeに格納(2015年9月12日以前の記述)
hoge <- apply(as.matrix(alphabetFrequency(fasta)[,1:4]), 1, sum)#A,C,G,Tの総数を計算してhogeに格納(2015年9月12日以降の記述)
obj <- (width(fasta) == hoge)          #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる要素のみ抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- translate(fasta, genetic.code=getGeneticCode("SGC1"))#アミノ酸配列に翻訳した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample1.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(seqinr)                        #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
hoge <- read.fasta(in_f, seqtype="DNA")#in_fで指定したファイルの読み込み
hoge                                   #確認してるだけです

#本番
hoge <- lapply(hoge, function(x){      #アミノ酸配列に翻訳
              translate(x, ambiguous=T)#アミノ酸配列に翻訳
        })                             #アミノ酸配列に翻訳
hoge                                   #確認してるだけです

#ファイルに保存
write.fasta(hoge, names=names(hoge), file.out=out_f, nbchar=50)#hogeの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample4.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(seqinr)                        #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
hoge <- read.fasta(in_f, seqtype="DNA")#in_fで指定したファイルの読み込み
hoge                                   #確認してるだけです

#本番
hoge <- lapply(hoge, function(x){      #アミノ酸配列に翻訳
              translate(x, ambiguous=T)#アミノ酸配列に翻訳
        })                             #アミノ酸配列に翻訳
hoge                                   #確認してるだけです

#ファイルに保存
write.fasta(hoge, names=names(hoge), file.out=out_f, nbchar=50)#hogeの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample4.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(seqinr)                        #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
hoge <- read.fasta(in_f, seqtype="DNA")#in_fで指定したファイルの読み込み
hoge                                   #確認してるだけです

#本番
hoge <- sapply(hoge, function(x){      #アミノ酸配列に翻訳
              translate(x, ambiguous=T)#アミノ酸配列に翻訳
        })                             #アミノ酸配列に翻訳
hoge                                   #確認してるだけです

#ファイルに保存
write.fasta(hoge, names=names(hoge), file.out=out_f, nbchar=50)#hogeの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample4.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge4.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(seqinr)                        #パッケージの読み込み
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge2 <- sapply(fasta, function(x){    #アミノ酸配列に翻訳
            hoge <- as.character(x)    #アミノ酸配列に翻訳
            c2s(seqinr::translate(s2c(hoge), ambiguous=T))#アミノ酸配列に翻訳
        })                             #アミノ酸配列に翻訳
fasta <- AAStringSet(hoge2)            #AAStringSet形式に変更
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample1.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- complement(fasta)             #fastaオブジェクトの相補鎖をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- complement(fasta)             #fastaオブジェクトの相補鎖をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample1.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- reverseComplement(fasta)      #fastaオブジェクトの逆相補鎖をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- reverseComplement(fasta)      #fastaオブジェクトの逆相補鎖をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample1.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- reverse(fasta)                #fastaオブジェクトの逆鎖をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- reverse(fasta)                #fastaオブジェクトの逆鎖をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- alphabetFrequency(fasta)        #A,C,G,T,..の数を各配列ごとにカウントした結果をoutに格納
out                                    #outの中身を表示

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F, col.names=T)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_base <- c("A", "C", "G", "T", "N")#出力させたい塩基を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
hoge <- alphabetFrequency(fasta)       #A,C,G,T,..の数を各配列ごとにカウントした結果をhogeに格納
obj <- is.element(colnames(hoge), param_base)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
obj                                    #objの中身を表示
out <- hoge[, obj]                     #objで指定した列のみ抽出した結果をoutに格納
out                                    #outの中身を表示

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F, col.names=T)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_base <- c("A", "C", "G", "T", "N")#出力させたい塩基を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
hoge <- alphabetFrequency(fasta)       #A,C,G,T,..の数を各配列ごとにカウントした結果をhogeに格納
obj <- is.element(colnames(hoge), param_base)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
#out <- colSums(hoge[, obj])           #列ごとの総和をoutに格納
out <- apply(as.matrix(hoge[, obj]), 2, sum)#列ごとの総和をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- rbind(names(out), out)          #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F, col.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge4.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_base <- c("A", "C", "G", "T", "N")#出力させたい塩基を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
hoge <- alphabetFrequency(fasta)       #A,C,G,T,..の数を各配列ごとにカウントした結果をhogeに格納
obj <- is.element(colnames(hoge), param_base)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
#out <- colSums(hoge[, obj])           #列ごとの総和をoutに格納
out <- apply(as.matrix(hoge[, obj]), 2, sum)#列ごとの総和をoutに格納

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=T, col.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample1.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge5.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_base <- c("A", "C", "G", "T", "N")#出力させたい塩基を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
hoge <- alphabetFrequency(fasta)       #A,C,G,T,..の数を各配列ごとにカウントした結果をhogeに格納
obj <- is.element(colnames(hoge), param_base)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- colSums(hoge[, obj])            #列ごとの総和をoutに格納
#out <- apply(as.matrix(hoge[, obj]), 2, sum)#列ごとの総和をoutに格納

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=T, col.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample1.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge6.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_base <- c("A", "C", "G", "T", "N")#出力させたい塩基を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
hoge <- alphabetFrequency(fasta)       #A,C,G,T,..の数を各配列ごとにカウントした結果をhogeに格納
obj <- is.element(colnames(hoge), param_base)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
#out <- colSums(hoge[, obj])           #列ごとの総和をoutに格納
#out <- apply(as.matrix(hoge[, obj]), 2, sum)#列ごとの総和をoutに格納
out <- hoge[, obj]                     #objがTRUEとなる列のみ抽出した結果をoutに格納

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=T, col.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "out_gapClosed.fa"             #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge7.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_base <- c("A", "C", "G", "T", "N")#出力させたい塩基を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
hoge <- alphabetFrequency(fasta)       #A,C,G,T,..の数を各配列ごとにカウントした結果をhogeに格納
obj <- is.element(colnames(hoge), param_base)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
#out <- colSums(hoge[, obj])           #列ごとの総和をoutに格納
out <- apply(as.matrix(hoge[, obj]), 2, sum)#列ごとの総和をoutに格納

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=T, col.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta)    #連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta, as.prob=T)#連続塩基の出現確率情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta)    #連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge4.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_bsgenome <- "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19" #パッケージ名を指定(BSgenome系のゲノムパッケージ)

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み
library(param_bsgenome, character.only=T)#指定したパッケージの読み込み

#前処理(指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
tmp <- ls(paste("package", param_bsgenome, sep=":"))#指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にオブジェクトが一つしかないという前提です）
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta)    #連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge5.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_bsgenome <- "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19" #パッケージ名を指定(BSgenome系のゲノムパッケージ)

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み
library(param_bsgenome, character.only=T)#指定したパッケージの読み込み

#前処理(指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
tmp <- ls(paste("package", param_bsgenome, sep=":"))#指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にオブジェクトが一つしかないという前提です）
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta, as.prob=T)#連続塩基の出現確率情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge6.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_bsgenome <- "BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9"#パッケージ名を指定(BSgenome系のゲノムパッケージ)

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み
library(param_bsgenome, character.only=T)#指定したパッケージの読み込み

#前処理(指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
tmp <- ls(paste("package", param_bsgenome, sep=":"))#指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にオブジェクトが一つしかないという前提です）
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta, as.prob=T)#連続塩基の出現確率情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge7.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_bsgenome <- "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38"#パッケージ名を指定(BSgenome系のゲノムパッケージ)

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み
library(param_bsgenome, character.only=T)#指定したパッケージの読み込み

#前処理(指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
tmp <- ls(paste("package", param_bsgenome, sep=":"))#指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にオブジェクトが一つしかないという前提です）
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta, as.prob=T)#連続塩基の出現確率情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge8.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_bsgenome <- "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38"#パッケージ名を指定(BSgenome系のゲノムパッケージ)

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み
library(param_bsgenome, character.only=T)#指定したパッケージの読み込み

#前処理(指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
tmp <- ls(paste("package", param_bsgenome, sep=":"))#指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にオブジェクトが一つしかないという前提です）
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge <- dinucleotideFrequency(fasta, as.prob=F)#連続塩基の出現頻度情報をhogeに格納
frequency <- colSums(hoge)             #列ごとの総和をfrequencyに格納
probability <- frequency / sum(frequency)#出現確率を計算した結果をprobabilityに格納
frequency                              #中身を表示
sort(frequency, decreasing=F)          #値の小さい順にソートした結果を表示

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(frequency), frequency, probability)#保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge9.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み
library(BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38) #パッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
tmp <- ls("package:BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38")#指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にオブジェクトが一つしかないという前提です）
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta, as.prob=T)#連続塩基の出現確率情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f1 <- "hoge10.txt"                 #出力ファイル名を指定してout_f1に格納
out_f2 <- "hoge10.png"                 #出力ファイル名を指定してout_f2に格納
param_bsgenome <- "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38"#パッケージ名を指定(BSgenome系のゲノムパッケージ)
param_fig <- c(700, 400)               #ファイル出力時の横幅と縦幅を指定(単位はピクセル)

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み
library(param_bsgenome, character.only=T)#指定したパッケージの読み込み

#前処理(指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
tmp <- ls(paste("package", param_bsgenome, sep=":"))#指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にオブジェクトが一つしかないという前提です）
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta, as.prob=T)#連続塩基の出現確率情報をoutに格納

#ファイルに保存(テキストファイル)
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f1, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存

#ファイルに保存(pngファイル)
png(out_f2, pointsize=13, width=param_fig[1], height=param_fig[2])#出力ファイルの各種パラメータを指定
boxplot(out, ylab="Probability")       #描画
grid(col="gray", lty="dotted")         #指定したパラメータでグリッドを表示
dev.off()                              #おまじない
	

in_f <- "human_2mer.txt"               #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f1 <- "hoge11.txt"                 #出力ファイル名を指定してout_f1に格納
out_f2 <- "hoge11.png"                 #出力ファイル名を指定してout_f2に格納
param_bsgenome <- "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38"#パッケージ名を指定(BSgenome系のゲノムパッケージ)
param_fig <- c(700, 400)               #ファイル出力時の横幅と縦幅を指定(単位はピクセル)

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み
library(param_bsgenome, character.only=T)#指定したパッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f, header=TRUE, row.names=1, sep="\t", quote="")#in_fで指定したファイルの読み込み

#前処理(指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
tmp <- ls(paste("package", param_bsgenome, sep=":"))#指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にオブジェクトが一つしかないという前提です）
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta, as.prob=T)#連続塩基の出現確率情報をoutに格納

#ファイルに保存(テキストファイル)
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f1, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存

#ファイルに保存(pngファイル)
png(out_f2, pointsize=13, width=param_fig[1], height=param_fig[2])#出力ファイルの各種パラメータを指定
boxplot(out, ylab="Probability", col=as.character(data$color))#描画
grid(col="gray", lty="dotted")         #指定したパラメータでグリッドを表示
dev.off()                              #おまじない
	

in_f <- "human_2mer.txt"               #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f1 <- "hoge12.txt"                 #出力ファイル名を指定してout_f1に格納
out_f2 <- "hoge12.png"                 #出力ファイル名を指定してout_f2に格納
param_bsgenome <- "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38"#パッケージ名を指定(BSgenome系のゲノムパッケージ)
param_fig <- c(700, 400)               #ファイル出力時の横幅と縦幅を指定(単位はピクセル)

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み
library(param_bsgenome, character.only=T)#指定したパッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f, header=TRUE, row.names=1, sep="\t", quote="")#in_fで指定したファイルの読み込み

#前処理(指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
tmp <- ls(paste("package", param_bsgenome, sep=":"))#指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にオブジェクトが一つしかないという前提です）
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta, as.prob=T)#連続塩基の出現確率情報をoutに格納

#後処理(log(observed/expected)に変換)
logratio <- log2(out/data$expected)    #log(observed/expected)の計算結果をlogratioに格納

#ファイルに保存(テキストファイル)
tmp <- cbind(names(fasta), logratio)   #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f1, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存

#ファイルに保存(pngファイル)
png(out_f2, pointsize=13, width=param_fig[1], height=param_fig[2])#出力ファイルの各種パラメータを指定
boxplot(logratio, ylab="log2(observed/expected)",#描画
        col=as.character(data$color))  #描画
grid(col="gray", lty="dotted")         #指定したパラメータでグリッドを表示
dev.off()                              #おまじない
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- trinucleotideFrequency(fasta)   #3連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- trinucleotideFrequency(fasta)   #3連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #保存したい情報をtmpに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_kmer <- 4                        #k-merのkの値を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param_kmer)#k連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_kmer <- 2                        #k-merのkの値を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param_kmer)#k連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_kmer <- 2                        #k-merのkの値を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param_kmer, simplify.as="collapsed")#k連続塩基の全配列をまとめた出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(out), out)          #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge4.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_kmer <- 2                        #k-merのkの値を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param_kmer, simplify.as="collapsed", as.prob=TRUE)#k連続塩基の全配列をまとめた出現確率情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(out), out)          #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge5.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_kmer <- 10                       #k-merのkの値を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param_kmer)#k連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge6.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_kmer <- 15                       #k-merのkの値を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param_kmer)#k連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample32_ngs.fasta"           #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge7.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_kmer <- 2                        #k-merのkの値を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param_kmer)#k連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample32_ngs.fasta"           #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge8.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_kmer <- 2                        #k-merのkの値を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
hoge <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param_kmer)#k連続塩基の出現頻度情報をhogeに格納
out <- colSums(hoge)                   #列ごとの総和をoutに格納

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=T, col.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample32_ngs.fasta"           #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge9.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_kmer <- 3                        #k-merのkの値を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
hoge <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param_kmer)#k連続塩基の出現頻度情報をhogeに格納
out <- colSums(hoge)                   #列ごとの総和をoutに格納

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=T, col.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample33_ngs.fasta"           #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge10.txt"                  #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_kmer <- 3                        #k-merのkの値を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
hoge <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param_kmer)#k連続塩基の出現頻度情報をhogeに格納
out <- colSums(hoge)                   #列ごとの総和をoutに格納

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=T, col.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample33_ngs.fasta"           #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge11.txt"                  #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_kmer <- 10                       #k-merのkの値を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
hoge <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param_kmer)#k連続塩基の出現頻度情報をhogeに格納
out <- colSums(hoge)                   #列ごとの総和をoutに格納

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=T, col.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
length(out)                            #4^param_kmerの値を表示
sum(out > 0)                           #1回以上出現したk-merの種類数を表示
	

in_f <- "sample34_ngs.fasta"           #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge12.txt"                  #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_kmer <- 10                       #k-merのkの値を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
hoge <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param_kmer)#k連続塩基の出現頻度情報をhogeに格納
out <- colSums(hoge)                   #列ごとの総和をoutに格納

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=T, col.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
length(out)                            #4^param_kmerの値を表示
sum(out > 0)                           #1回以上出現したk-merの種類数を表示
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
param <- "uge"                         #拡張子名を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番(拡張子を変えた出力ファイル名を作成)
out_f <- paste(unlist(strsplit(in_f, ".", fixed=TRUE))[1], param, sep=".")#出力ファイル名を作成してout_fに格納

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
param <- "_processed"                  #追加したい文字列を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番()
hoge1 <- paste(".", unlist(strsplit(in_f, ".", fixed=TRUE))[2], sep="")#"."を含む拡張子部分をhoge1に格納
hoge2 <- paste(param, hoge1, sep="")   #置換後の文字列をhoge2に格納
out_f <- sub(hoge1, hoge2, in_f)       #出力ファイル名を作成してout_fに格納

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

#必要なパッケージをロード
library(BSgenome)                      #パッケージの読み込み

#本番（利用可能なパッケージをリストアップ；インストール済みとは限らない）
available.genomes()                    #このパッケージ中で利用可能なゲノムをリストアップ

#本番（インストール済みの生物種をリストアップ）
installed.genomes()                    #インストール済みの生物種をリストアップ

#後処理（パッケージ名でだいたいわかるがproviderやversionを分割して表示したい場合）
installed.genomes(splitNameParts=TRUE) #インストール済みの生物種をリストアップ
	

param <- "BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7"#パッケージ名を指定

#本番
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#おまじない
biocLite(param)                        #おまじない

#後処理（インストール済みの生物種をリストアップ）
installed.genomes()                    #インストール済みの生物種をリストアップ
	

out_f <- "hoge3.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7"#パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
#tmp <- unlist(strsplit(param, ".", fixed=TRUE))[2]#paramで指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
genome                                 #確認してるだけです

#本番
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge4.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9" #パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
#tmp <- unlist(strsplit(param, ".", fixed=TRUE))[2]#paramで指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
genome                                 #確認してるだけです

#本番
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge5.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19" #パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
#tmp <- unlist(strsplit(param, ".", fixed=TRUE))[2]#paramで指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
genome                                 #確認してるだけです

#本番
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge6.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19"#パッケージ名を指定
param2 <- 24                           #取り出したい染色体数を指定(主要なものから順番に並んでいるので最初の24本に相当)

#必要なパッケージをロード
library(param1, character.only=T)      #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
#tmp <- unlist(strsplit(param1, ".", fixed=TRUE))[2]#指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param1, sep=":"))#指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
genome                                 #確認してるだけです

#本番
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している
fasta <- fasta[1:param2]               #染色体のフィルタリング

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

param <- "BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9"#パッケージ名を指定

#本番
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#おまじない
biocLite(param, suppressUpdates=TRUE)  #おまじない

#後処理（インストール済みの生物種をリストアップ）
installed.genomes()                    #インストール済みの生物種をリストアップ
	

out_f <- "hoge8.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9"#パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
#tmp <- unlist(strsplit(param, ".", fixed=TRUE))[2]#paramで指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
genome                                 #確認してるだけです

#本番
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge9.fasta"                 #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38"#パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
#tmp <- unlist(strsplit(param, ".", fixed=TRUE))[2]#paramで指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
genome                                 #確認してるだけです

#本番
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge10.fasta"                #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38"#パッケージ名を指定
param_range <- 1:25                    #抽出したい範囲を指定

#必要なパッケージをロード
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
#tmp <- unlist(strsplit(param, ".", fixed=TRUE))[2]#paramで指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
genome                                 #確認してるだけです

#本番
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している

#後処理(フィルタリング)
obj <- param_range                     #抽出したいリードの位置情報をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる要素のみ抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge11.fasta"                #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38" #パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
#tmp <- unlist(strsplit(param, ".", fixed=TRUE))[2]#paramで指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
genome                                 #確認してるだけです

#本番
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存