生物生産工学研究センターは、特に環境分野での種々の問題解決をめざし微生物学研究と構造生物学的研究を強力に推進するため、1993年に2部門制で設立された。以前より農学部付属施設として存在していた東京大学農学部生物生産工学研究施設を発展的に解消して設立されたもので、研究室スタッフが農芸化学科関連研究室(応用生命工学専攻、応用生命化学専攻)出身なこともあり、当時から現在に至るまで応用生命化学・工学両専攻と非常に強い結びつきを持って運営されてきた。
2000年12月に行われた第1期センターの評価を受け、2003年4月より新センターが設立された。第2期センターは、環境問題、食糧問題の解決や有用物質の生産と言った重要な問題で、新たな発展を期するべく、新たに1部門を加え3部門制(環境保全工学部門、細胞機能工学部門、植物機能工学部門)で植物・微生物学研究を行っている。
環境保全工学部門(環境保全工学研究室と呼ばれることが多い。「かんぽ」と略称される。英語名はLaboratory of Environmental Biochemistry)は第1期センターの生物制御工学部門(大森俊雄教授、現在は芝浦工業大学大学院工学研究科教授、東京大学名誉教授)の跡地に、当時、第1期センター生物構造工学部門教授であった山根久和を教授に、生物制御工学部門助教授であった野尻を助教授に、同部門助手であった羽部浩を助手として2003年4月に発足した。その後、同年8月に岡田憲典を助手に迎えた。2006年3月に羽部が産業技術総合研究所に転出し、2012年3月に山根教授の退職を受け(現在は帝京大学理工学部教授、東京大学名誉教授)、現在の体制となっている。
当研究室の研究は、多くのポスドク研究員の他、大学院生、学部学生、共同研究先からの委託卒論生などにより行われている。また、多くの学内外の大学の研究室、企業、公的研究機関とも広く共同研究を行っている。
環境保全工学部門における主要研究テーマは、微生物研究テーマと植物研究テーマの二つに大別できる。微生物研究テーマとしては、(1)環境中でのプラスミド機能の解明、(2)難分解性物質分解系酵素の機能解明があり、植物研究テーマとしては、(3)植物の病害抵抗性を誘導するシグナル伝達機構の解明、(4)高等植物におけるテルペン生合成系の制御機構の解明と利用が挙げられる。微生物研究テーマ(1)(2)は野尻が、植物研究テーマ(3)(4)は岡田が中心となって研究を遂行している。