生物は多様な環境にさらされながら、代謝や集団化によって周りの環境を積極的に変えたり、別の環境へ移動したりと、時間と空間を自在に「辿り」ながら、複雑な生命システムとしての営みを発展させてきています。単細胞に見られる確率性と規則性が入り混じったような動き、変形、極性、分裂から、集団的な振る舞いへの自己組織的な遷移、発生に見られる３次元的な形態形成に至るまで、生物が示す階層を超えた時空間的な秩序形成には、分子や生物種を超えた共通のロジックが働いています。生物普遍性機構では、物理面と機能面の双方がいかなる形で相まって、細胞や多細胞組織のように複雑なシステムが形づくられてきたか、その背後にある共通の法則性を理解することを目指しています。理論、計測、構成、情報統計の４部門が普遍性機構の縦糸であるとすると、進化発生部門は他部門で培われた手法を総動員して発展させ、有機的に結び付ける横糸です。