微生物科学イノベーション連携研究機構（CRIIM）には、東京大学の各部局に所属している、微生物学に関連する多様な分野の研究者が参画しています。
以下に参画メンバーをご紹介します。（2025年4月1日現在）
1. 連携研究機構の長
- 大西 康夫教授農学生命科学研究科・応用生命工学専攻
2. その他の参画教員
農学生命科学研究科
- 吉田 稔 特別教授農学生命科学研究科（兼務）
- 伏信 進矢教授応用生命工学専攻
- 葛山 智久教授応用生命工学専攻
- 寺田 透 教授応用生命工学専攻
- 丸山 潤一教授応用生命工学専攻
- 原 啓文 特任教授応用生命工学専攻
- 勝山 陽平准教授応用生命工学専攻
- 新井 博之准教授応用生命工学専攻
- 有岡 学 准教授応用生命工学専攻
- 福田 良一准教授応用生命工学専攻
- 宮永 顕正准教授応用生命工学専攻
- 野田 陽一特任准教授応用生命工学専攻
- 手塚 武揚特任講師応用生命工学専攻
- 大塚 重人准教授応用生命化学専攻
- 増田 曜子助教応用生命化学専攻
- 小川 哲弘助教応用生命工学専攻
- 亀谷 将史助教応用生命工学専攻
- 岩間 亮 助教応用生命工学専攻
- 白石 太郎助教応用生命工学専攻
- ブランパン 騰真助教応用生命工学専攻
- 納庄 一樹助教応用生命工学専攻
- 五十嵐 圭日子教授生物材料科学専攻
- 砂川 直輝講師生物材料科学専攻
- 角田 茂 准教授獣医学専攻
- 門田 幸二准教授アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット
- 八村 敏志教授附属食の安全研究センター
- 野尻 秀昭教授附属アグロバイオテクノロジー研究センター
- 西山 真 教授附属アグロバイオテクノロジー研究センター
- 妹尾 啓史特任教授附属アグロバイオテクノロジー研究センター
- 古園 さおり准教授附属アグロバイオテクノロジー研究センター
- 水口 千穂助教附属アグロバイオテクノロジー研究センター
- 吉田 彩子助教附属アグロバイオテクノロジー研究センター
工学系研究科
理学系研究科
総合文化研究科
薬学系研究科
新領域創成科学研究科
医科学研究所
定量生命科学研究所
大気海洋研究所
- 浜崎 恒二教授海洋生態系動態部門 微生物分野
先端科学技術研究センター
- 春日 郁朗准教授減災まちづくり分野
環境安全研究センター
- 林 勇樹 准教授