FinePop2
\(F_{\rm{ST}}\)を計算するためのRパッケージです。全集団\(F_{\rm{ST}}\)を計算するglobalFST関数、集団対\(F_{\rm{ST}}\)を計算するpop_pairwiseFST関数、そして集団固有\(F_{\rm{ST}}\)を計算するpop_specificFST関数などが提供されています。
Genepop
データフォーマットです。
回帰分析(regression
analysis)
リンク先は「回帰分析」です。観測データを数式(モデル)に当てはめて分析することです。当てはまりのよい数式を探すことや、当てはまった数式中のパラメータを解釈することで、そのデータの特性の理解につながります。
ポプラ(Populus
trichocarpa)
真正双子葉類キントラノオ目ヤナギ科ヤマナラシ属、またはハコヤナギ属に属する樹木のことです。
CPU
中央演算処理装置(Central Processing
Unit)の略です。コンピュータにおける中心的な処理装置(プロセッサ)のことです。コンピュータの頭脳や心臓部に例えられることが多いです。
SNP
一塩基多型(single nucleotide
polymorphism)のことです。ある生物種集団のゲノム塩基配列中に1塩基が変異した多様性が見られ、その変異が集団内で1%以上の頻度で見られる時、それをSNPといいます。SNPで定義された1%という基準に合致しない稀(rare)なものは、一塩基変異(single
nucleotide variation; SNV)とよばれます。
ヒト(human)
広義にはヒト亜族(Hominina)に属する動物の総称であり、狭義には現生人類(Homo
sapiens)のことです。
マイクロサテライト(microsatellite)
「単位配列の長さ」が数 bp程度のタンデムリピートのことです。short tandem
repeat(STR)やsimple sequence repeat(SSR)ともよばれます。
遺伝子型(genotype)
ある生物の個体が持つ遺伝物質の構成のことです。ほぼすべてのヒトを含む2倍体の生物個体の体細胞は、母親由来と父親由来のゲノムをもちます。ゲノム中のある特定のサイトにおいて、母親由来と父親由来でどのような塩基の構成になっているかを表したものが遺伝子型です。母親由来と父親由来で塩基が異なる場合をヘテロ接合型、同じ場合をホモ接合型といいます。ホモ接合型は、さらに2種類に分かれます。1つは、ヒトの標準配列(参照配列またはリファレンス配列)と同じ場合で、ホモ接合型顕性(ほもせつごうがたけんせい)とよばれるものです。そしてもう1つは、ヒトの標準配列と異なる場合でホモ接合型潜性(ほもせつごうがたせんせい)とよばれるものです。標準配列と同じものを大文字、異なるものを小文字で表します。それゆえ、3種類の遺伝子型は、ホモ接合型顕性がPP、ヘテロ接合型がPp、ホモ接合型潜性がppのように表されます。
図6.4c
ヒトの集団構造です。
ポプラの回帰分析に用いたデータとR
script
リンク先のpoplar_bioinf.zip中にある、3つのファイル(omega.csv,
poplar_gls_data.csv, poplar_env.R)です。
例題6.1
1ページ目が問題、2ページ目以降が解答例です。PDFファイル中のRコマンドのコピペ実行は不具合が生じやすいため、実際にコピペする際は以下のスクリプトをご利用ください。
# パッケージのインストール部分
install.packages("ape")
install.packages("FinePop2")
install.packages("sf")
install.packages("tibble")
install.packages("RColorBrewer")
# パッケージのロード(1回目)
library(ape)
library(FinePop2)
library(sf)
library(tibble)
library(RColorBrewer)
# パッケージのロード(2回目)
library(ape)
library(FinePop2)
library(sf)
library(tibble)
library(RColorBrewer)