結晶化実験: 後日掲載

動力学実験に関しては下記参照のこと

レポート作成に役立つ動力学補足資料を掲載しました。

☆【R言語（R)を用いてミカエリス・メンテンの式をフィッティングする方法】

エクセルでは非線形の回帰分析ができないので、R言語(R)でミカエリス・メンテンの式をフィッティングする方法を紹介します。

Rのnlsを使います。詳しくは以下のQiitaの記事を参照のこと

https://qiita.com/hnishi/items/2a8a7e70aa8223b99f15

1. Rのインストール

以下のURLから各自のOSに合わせた実行環境をダウンロードしてインストールしてください。

https://cran.ism.ac.jp

2. データの準備

テキストエディット(mac)かメモ帳(? Windows)を使って以下のように実験データを入力して、セーブして下さい。ファイルの拡張子は.csvで（例：data.csv）。

エクセルで入力したものをcsv形式でセーブしてもいいです。

最後の行に改行が入っていないとエラーが出るかもしれません。

S ,v

5.0, 0.048

2.5, 0.044

1.25, 0.040

0.625, 0.034

0.3125, 0.027

3. プロットの表示

以下のスクリプトの、KminitとVmaxinit(KmとVmaxの初期値)を書き換えた後（予想されるKmとVmaxに近い値を使う）、Rのコンソールにコピーandペーストする。

ファイル選択のダイアログが出てくるので、先ほど保存したcsvファイルを読み込む(うまくいけば、プロットが表示される)。

注意：このプロットでは、Sとv、KmとVmaxには、あえて単位を書いていません。レポートを提出するときには、必ず、適切な単位を書き加えること！！

Kminit <- 0.2

Vmaxinit <- 0.05

MM.df <- read.csv(file.choose())

plot (MM.df,xlim=c(0,max(MM.df[,1])),ylim=c(0,max(MM.df[,-1])*1.1))

MM.nls <- nls(v ~ (Vmax * S / (Km + S)), data=MM.df, start=list(Km=Kminit, Vmax=Vmaxinit))

Km <- unname(coef(MM.nls)["Km"])

Vmax <- unname(coef(MM.nls)["Vmax"])

curve(Vmax*x/(Km+x),0,max(MM.df$S),add=TRUE)

mtext(paste("Km = ",signif(Km,digits=3),"+/-",signif(summary(MM.nls)$parameters[1,2],digits=3)," , Vmax = ",signif(Vmax,digits=3),"+/-",signif(summary(MM.nls)$parameters[2,2],digits=3)),side=3)

下記　Rに入力するスクリプトとプロット例です。

Rスクリプト ( text 1 kB)

プロット例 ( pdf 94 kB)

以下の論文の電子付録(supplementary material)のエクセルファイルでも同様の計算を行うことができる。

Automatic Calculation of the Kinetic Parameters of Enzymatic Reactions with Their Standard Errors Using Microsoft Excel.

Motomitsu Kitaoka. J. Appl. Glycosci.70 (1), 33-37, 2023.

https://doi.org/10.5458/jag.jag.JAG-2022_0012

　　後日掲載予定

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