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Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo

     

業績Publications

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Professor Takuya Ueda  
・Original Papers  
・Reviews
・Others

Associate Professor Nono Tomita
・Original Papers 
・Reviews, Others


Professor Takuya Ueda

・Original Papers 
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・Reviews

                                   return to top 
富田野乃、上田卓也(2013)「翻訳伸長制御のメカニズムとその意義」 実験医学31(7):144-152

多田隈尚史、上田卓也(2013)「合成生物学による翻訳系の新展開‐リボゾームや遺伝コードの改変を通して」 化学68(6):70-71

車 ゆうてつ, 上田卓也 (2011) Construction of the Synthetic Cell Based on the Reconstructed Cell-Free Translation System, PURE system. 化学とマイクロ・ナノシステム 10(2):5-11

上田卓也(2010)人工蛋白質合成系の創造.科学 80(7): 729-733

竹内野乃(富田野乃), 上田卓也 (2010) 乳類ミトコンドリアにおける新規翻訳因子の発見.生化学 82(9): 825-831

上田卓也, 清水義宏(2008)再構築型無細胞タンパク質合成系. In タンパク質をつくる, 長谷俊治, 高尾敏文, 高木淳一 (eds), pp 148-156. 化学同人

清水義宏, 上田卓也 (2008) 大腸菌由来酵素、因子群を用いた翻訳. In RNA実験ノート, 稲田利文, 塩見春彦 (eds), pp 128-130. 羊土社

上田卓也 (2007) 高品質なタンパク質を作るためのPURE Technology. 生化学 79(3): 205-212

清水義宏, 上田卓也 (2007) 翻訳伸長段階におけるリボソームおよびtRNAのダイナミクスと分子擬態. 実験医学 25(1): 5-12

竹内(富田)野乃, 上田卓也 (2006) 翻訳異常と疾患. 分子細胞治療 5: 406-413

田口英樹, 應蓓文, 上田卓也 (2005) 翻訳時におけるシャペロンの働き. 実験医学 23: 2248-2253

上田卓也 (2004) 無細胞遺伝子発現システムの現状と展望. 生化学 76: 130-134

應蓓文, 上田卓也 (2004) 蛋白質合成系の完全再構成. 蛋白質 核酸 酵素 49: 834-837

清水義宏, 上田卓也 (2004a) 無細胞蛋白質合成系:大腸菌由来完全再構成系PURESYSTEM®. 蛋白質 核酸 酵素 49: 1520-1526

清水義宏, 上田卓也 (2004b) 無細胞タンパク質合成系. タンパク質実験ノート(羊土社): 195-201

上田卓也,  清水義宏 (2003) 無細胞蛋白質合成系へのピュアアプローチ. 生物物理 43: 9-14

清水義宏,  上田卓也 (2003) 無細胞タンパク質合成システム. 実験医学 20: 56-61

上田卓也 (2002) ピュアなタンパク質をつくるためのPUREシステム. バイオベンチャー 2: 92-95

清水義宏, 上田卓也 (2002) 無細胞タンパク質合成系の新展開. 遺伝子医学 6: 56-61

太田成男, 安川武宏, 上田卓也(2000)ミトコンドリア病とtRNA.RNA研究の最前線 志村令郎、渡辺公綱 編, 188-200

上田卓也, 山中伸弥, 広瀬哲郎(2000) RNAエディティング.RNA研究の最前線 志村令郎、渡辺公綱 編 201-210

上田卓也, 鈴木勉, 渡辺公綱(1997)多義語コドンの発見-複数のアミノ酸と結合するファジーなtRNA-.蛋白質 核酸 酵素 42, 1815-1827

上田卓也ほか共著(1997)分子遺伝学.丸善株式会社 百瀬 春生編,49-70

上田卓也(1997)狂牛病(プリオン病).バイオインダストリー 14, 48-55

上田卓也ほか共著(1995)RNAの世界,遺伝暗号の謎に挑む.クバプロ 52-67

新田 至, 上田卓也, 渡辺公綱(1995)タンパク質合成系を利用したアミノ酸の鋳型重合. 高分子 44, 604-607

上田卓也, 渡辺公綱(1995)tRNAの翻訳機能と修飾塩基. 蛋白質 核酸 酵素, 40, 1465-1473
(1995)
新田至, 上田卓也, 渡辺公綱(1995)生体外蛋白質合成系の研究・開発と利用. 化学と生物 33, 2-3

上田卓也, 横堀伸一, 渡辺公綱(1994)遺伝暗号の起源と進化-変則暗号発生メカニズムについての一考察.蛋白質 核酸 酵素 39, 2427-2437

上田卓也, 渡辺公綱(1993)生物界における変則暗号とその発生機構. 蛋白質 核酸 酵素 38, 2677-2691

上田卓也, 渡辺公綱(1993)リボソームRNAの触媒活性.細胞工学 12, 247-253

上田卓也, 渡辺公綱(1992)タンパク質合成におけるRNAの修飾の役割. バイオサイエンスとインダストリー 50, 25-29

上田卓也, 渡辺公綱(1992)生命の起源の解明-RNAワールドの研究がカギ. 化学, 47, 404-408

上田卓也, 渡辺公綱(1992)生物界における遺伝暗号のゆらぎとその成立のメカニズム. 東京大学工学部紀要 A-30, 62-63

若木高善, 上田卓也 (1990)DNAから見た古生物学.ぶんせき 823-825

・Others

                                 return to top
Shimizu Y*, Kuruma Y, Kanamori T, Ueda T(2014). The PURE System for Protein Production. Methods Mol Biol. 1118:275-84.

Ueda T (2007) The constructive approach for cell-free translation. In Cell-free protein synthesis : methods and protocols, Spirin AS, Swartz JR (eds), pp 35-50. Weinheim; Chichester: Wiley-VCH ; John Wiley [distributor]

Ying B, Shimizu Y, Ueda T (2007a) The PURE System: A Minimal Cell-Free Translation System. In Proteins Vol. 1, Meyers R (ed), pp 76-83. Weinheim: Wiley-VCH-Verl.

Ying B, Shimizu Y, Ueda T (2007b) The PURE system: a minimal cell-free translation system In Cell-free protein expression, Kudlicki WA, Katzen F, Bennett RP (eds), 6, pp 76-83. Austin, Tex.: Landes Bioscience

Ueda T, Inoue A and Shimizu, Y(2004)Cell-free Translation Systems. In Meyer, R.A. (ed.), Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, Wiley-VCH Verlag GmbH & Co, KGaA, Weinheim, p. 451-461

Ueda T, Inoue A, Kaida M, R. B, Shimizu Y (2002) PURE system:new cell-free translation system reconstructed with purified components. In Cell-Free Transaltion System, Sprin AS (ed), p 53—60. Berlin and Heidelberg: Springer-Verlag

Associate Professor Nono Tomita

・Original Papers 2014~1997
                                 return to top
Yano T,  Takeuchi-Tomita N,  Ueda T, Haas RH(2013). Pyrrole-imidazole polyamide, a synthetic DNA-binding compound, is effective at increasing levels of wild-type mtDNA in both cybrid cells and MELAS patient-derived fibroblast cells with the MELAS A3243G mutation by a selective promotion of wild-type replication. MITOCHONDRION 13(6)924-925

Hayashi R, Takeuchi N, Ueda T(2013). Nuclear Respiratory Factor 2β (NRF-2β) Recruits NRF-2α to the Nucleus by Binding to Importin-α:β via an Unusual Monopartite-Type Nuclear Localization Signal. Mol Biol; 425(18):3536-48J.

Kotani T, Akabane S, Takeyasu K, Ueda T and Takeuchi N*(2013).
Human G-proteins, ObgH1 and Mtg1, associate with the large mitochondrial ribosome subunit and are involved in translation and assembly of respiratory complexes, Nucleic Acids Research 41(6):3713-22.

Kurata S., Shen B., Liu JO., Takeuchi N., Kaji A. and Kaji H.
Possible steps of complete disassembly of post-termination complex by yeast eEF3 deduced from inhibition by translocation inhibitors.
Nucleic Acids Res. (2013) 41(1):264-76.

Häuser R, Pech M, Kijek J, Yamamoto H, Titz B, Naeve F, Tovchigrechko A, Yamamoto K, Szaflarski W, Takeuchi N, Stellberger T, Diefenbacher ME, Nierhaus KH, Uetz P.
RsfA (YbeB) Proteins Are Conserved Ribosomal Silencing Factors.
PLoS Genet. (2012) 8(7):e1002815.

Suzuki T., Miyauchi K., Suzuki T., Yokobori S., Shigi N., Kondow A., Takeuchi N., Yamagishi A., Watanabe K.
Taurine-containing uridine modifications in tRNA anticodons are required to decipher non-universal genetic codes in ascidian mitochondria.
J Biol Chem. (2011) 286,35494-8.

Akama K., Christian BE., Jones CN., *Takeuchi N., and Spremulli LL.
Analysis of the Functional Consequences of Lethal Mutations in Mitochondrial Translational Elongation Factors
Biochimica et Biophysica Acta (2010) 1802,692-698.

Suematsu T., Yokobori SI., Morita H., Yoshinari S., Ueda T., Kita K., *Takeuchi N., Watanabe YI.
A bacterial elongation factor G homolog exclusively functions in ribosome recycling in the spirochaete Borrelia burgdorferi
Mol Microbiol. (2010) 75,1445 - 1454

Tsuboi M., Morita H.,Nozaki Y.,Akama K., Ueda T.,Ito K.,Nierhaus KH., and *Takeuchi N.
EF-G2mt is an Exclusive Recycling Factor in Mammalian Mitochondrial Protein Synthesis.
Molecular Cell (2009) 28,502-10.

Ishizawa T., Nozaki Y., Ueda T., *Takeuchi N.
The human mitochondrial translation release factor HMRF1L is methylated in the GGQ motif by the methyltransferase HMPrmC.
Biochem Biophys Res Commun. (2008) 373, 99-103.

Nozaki Y., Matsunaga N., Ishizawa T., Ueda T., *Takeuchi N.
HMRF1L is a human mitochondrial translation release factor involved in the decoding of the termination codons UAA and UAG.
Genes Cells. (2008) 13, 429-38.

Yamashita R., Suzuki Y., Takeuchi N., Wakaguri H., Ueda T., Sugano S., Nakai K.
Comprehensive detection of human terminal oligo-pyrimidine (TOP) genes and analysis of their characteristics.
Nucleic Acids Res. (2008) 36, 3707-15.

Takeda JI., Suzuki Y., Sakate R., Sato Y., Seki M., Irie T., Takeuchi N., Ueda T., Nakao M., Sugano S., Gojobori T., Imanishi T.
Low conservation and species-specific evolution of alternative splicing in humans and mice: comparative genomics analysis using well-annotated full-length cDNAs.
Nucleic Acids Res. (2008), 36(20):6386-95

Hayashi R., Ueda T., Farwell MA., *Takeuchi N.
Nuclear respiratory factor 2 activates transcription of human mitochondrial translation initiation factor 2 gene.
Mitochondrion. (2007) 7, 195-203.

Suzuki H., Ueda T., Taguchi H., *Takeuchi N.
Chaperone properties of mammalian mitochondrial translation elongation factor Tu.
J Biol Chem. (2007) 282, 4076-84.

Tomita K., Fukai S., Ishitani R., Ueda T., Takeuchi N., Vassylyev DG., Nureki O.
Structural basis for template-independent RNA polymerization.
Nature. (2004) 430, 700-4.

Spencer AC., Heck A., Takeuchi N., Watanabe K., Spremulli LL.
Characterization of the Human Mitochondrial Methionyl-tRNA Synthetase.
Biochemistry. (2004) 43, 9743-54.

Okabe M., Tomita K., Ishitani R., Ishii R., Arisaka F., Takeuchi N., Nureki O., Yokoyama S.
Divergent evolution of trinucleotide polymerization revealed by an archaeal CCA-adding enzyme structure.
EMBO J. (2003) 22, 5918-5927.

*Takeuchi N., Ueda T.
Down-regulation of the mitochondrial translation system during terminal differentiation of HL-60 cells by 12-O-tetradecanoyl-1-phorbol-13-acetate: comparison with the cytoplasmic translation system.
J Biol Chem. (2003) 278, 45318-24.

Takeuchi N., Vial L., Panvert M., Schmitt E., Watanabe K., Mechulam Y., Blanquet S.
Recognition of tRNAs by Methionyl-tRNA transformylase from mammalian mitochondria.
J Biol Chem. (2001) 276,20064-8.

Yokogawa T., Shimada N., Takeuchi N., Benkowski L., Suzuki T., Omori A., Ueda T., Nishikawa K., Spremulli LL., Watanabe K.
Characterization and tRNA recognition of mammalian mitochondrial seryl-tRNA synthetase.
J Biol Chem. (2000) 275, 19913-20.

Takeuchi N., Ueda T., Watanabe K.
Expression and characterization of bovine mitochondrial methionyl-tRNA transformylase.
J Biochem. (1998) 124, 1069-71.

Takeuchi N., Kawakami M., Omori A., Ueda T., Spremulli LL., Watanabe K.
Mammalian mitochondrial methionyl-tRNA transformylase from bovine liver. Purification, characterization, and gene structure.
J Biol Chem. (1998) 273, 15085-90.

Takeuchi N., Kawakami M., Ueda T., Spremulli LL., Watanabe K.
Mitochondrial methionyl-tRNA transformylase from bovine liver.
Nucleic Acids Symp Ser. (1997) 37, 195-6.

・Reviews, Others

富田野乃、上田卓也(2013)「翻訳伸長制御のメカニズムとその意義」 実験医学31(7):144-152

竹内野乃(富田野乃), 上田卓也 (2010) 乳類ミトコンドリアにおける新規翻訳因子の発見.生化学 82(9): 825-831

*竹内野乃、上田卓也
翻訳異常と疾患〜ミトコンドリア翻訳因子、リボソーム、tRNAなどの異常に起因する疾患〜分子細胞治療 (2006) 5, 406-413.

*竹内野乃、上田卓也
哺乳類ミトコンドリアにおける新規翻訳因子の発見 〜哺乳類ミトコンドリア翻訳研究の新展開〜 生化学 (2010)82, 825-831.

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