一行日記

自分も引っ越しをしているわけだが、今日はリサイクル業者に冷蔵庫とかを持って行ってもらった。ベッドとか机とかも引き取ってもらったらマイナス査定になった。が、しかたがない。

一昨日は友達の子供たちと箱根の小湧園ユネッサンに行ってきた。昨日は大雪でびっくりした。今日は古崎研に新しい計算機が導入されたのでさっそく使ってみた。XeonのQuad coreの3GhzであるX5365が1ノードに二つ、ノードは全部で八つあり、計64個のCPUコアがある。32並列で試しに計算させたらものすごく速かった。

補欠だったけれど、今日無事採用の連絡が来た。良かった。

総合文化研究科の修論発表会があったので加藤研の人たちのを聞いてきた。今日は駒場に行っていたわけだが、学振に提出する書類や奨学金や授業料関係がいろいろあって何がなんだか混乱していた。そういえば、Mac用のフリーの仮想化ソフトVirtualBoxのBeta 3がリリースされた。Leopardに対応した。なのでさっそく使ってみた。mac上でLinux(Ubuntu)、Windowsが別ウィンドウで同時に起動するのはすごい。

今日は午前中に本郷によりいろいろと提出し、午後からは書類作成をしていた。結構いろいろ書くことがあるので、四苦八苦しながら書いていたら20時を過ぎていた。

例の思いつき論文、ついに投稿できそうだ。最初に書き上げた第一版と比べると結果も構成もきれいになった。林さんにも計算してもらい、クロスチェックも完了し、たぶん数値計算結果は間違っていないと思う。連休は原稿を寝かせて、火曜日に出せればいいなと思う。

論文をPRLに投稿した。また同時にarXivにも投稿した。これでひと段落。

借りていた奨学金の免除手続きの申請のために本郷に行ってきた。明大前〜東大前というルートをはじめて使ってみたが、電車の接続がうまくいけばかなり早くいけることがわかった。南北線に乗り換える駅でとても歩くのだが、ここで少し急ぐと一本早いのに乗れるようだ。午後は久々にダイヤモンド関連をやっていたが、プログラムがうまくいかないので困っている。

ダイヤモンド関連の研究をずっとしていた日。プログラムがうまくいかなくて、アルゴリズムを変えることにした。１ヶ月分ほど後退した。そしてさらに強束縛近似ハミルトニアンを対角化する方法がよくわからなくなってきたので、あらためて考えていたら夜になってしまった。

午前中に前の家の引き渡しを行った。とくにとがめられるところもなく、順調に終わった。というわけで新しい家に住み始めた。午後には駒場に行った。対角化についてよくわからないことがあったのでいろいろと調べた。

最近、歯医者に通っている。虫歯を治してもらって、まあついでだから歯石等の除去もしてもらうことになり、もう５回以上通っている。今日は下の歯の歯石をとってもらった。舌で歯の裏を触ると一本一本の歯がはっきりと認識できるようになった。そういえば前に歯石を取ってもらったのは高校生のときだったろうか。今度はあまりくっつけないようにしたい。

最近、とりあえず転送行列法は棚上げにして、論文の結果を再現できるか計算していた。ハミルトニアンを対角化するという意味がよくわからなくなったりしていたが、なんとか理解し、論文の結果の一つを再現できた。さてこのあと何をしようか、というのが問題だ。ダイヤモンド格子はすべての格子の立体的な位置関係を把握できるくらい叩き込んだので、ダイヤモンド格子で何かをしてみたい。関連論文を読もうと思う。理研に所属があるうちに何かしたいのだが、はて何をしよう。

引き続きダイヤモンド格子について考えていた。グラファイト、ダイヤモンド、ともにA原子B原子という二種類の原子がある。強束縛近似のときに、A原子とB原子の波動関数をまとめて、スピンの自由度も含めて4成分の擬スピンとみなすと、プログラムが簡単に書けることがわかった。この擬スピンの表示だと六角形のダイヤモンド格子はひし形になる。

古崎さんと議論した。問題は、三次元系であるダイヤモンドの系は現在の計算機で十分な速さで計算できるのか、ということだ。とりあえず小さな系で計算して確かめてみる必要がある。議論の途中で強束縛近似の単純立方格子の状態密度の次元依存性が答えられなくなった。学部レベルのことなのに、忘れていた。「忘れた」、というのは「導出できるものをきちんと理解していなかった」という言い訳にすぎないと人のゼミを聞いているときは思っていたが、自分でわからなかった場合、「忘れた」としか言えない。残念だ。もっと物理センスを磨きたい。

今日は駒場に行った。最近ダイヤモンド関連の為にずっと理研に通っていた。ダイヤモンドのプログラム、システムサイズを大きくすると実行時にsegmentation faultで落ちるというエラーがあって、困っていた。

今日はゆっくりしていた。昼過ぎに家からプログラムのバグとりをしたくらいで、他には何もしない日だった。例のsegmentation faultの原因がわかった。現在Fortran90でプログラムを書いているのだが、subroutineがたくさんあるプログラムになっている。このsubroutineに引数として配列を渡すとき、配列のサイズも引数で渡すとエラーが起きることがわかった。Fortran90だとmoduleを使って配列サイズを定義すればこのエラーは解消した。77だとcommon文で定義すればよいのだろう。
90が77より使いやすい理由として配列の動的割当がある、と言われているが、まだ動的割当は使ったことがない。しかし、90はmoduleが使えるという点で77より優れていると思う。まだmoduleでパラメータを定義しておけば（module sys_parametersとか）、すべてのsubroutineでuse sys_parametersと一文入れておくだけでパラメータを定義できる。自分の場合はmoduleでパラメータと共通仕様配列等を定義しておき、あるsubroutine (sys_initializeとか)を定義しその中で共通で必要なベクトルと行列の計算をしておき、call sys_initialize()とかすれば、必要な情報をコンパクトに得られる。この便利さは捨てがたいので、新しいプログラムを書くときは90で書くと思う。

gnuplotなどで描いたepsファイルをイラストレータで編集してepsファイルにするとファイルサイズが大きくなる。この問題の解決法として以前pdfファイルにしてからepsに変換するという手を思いついてページを作ったのだが、もっといい方法があった。epsファイルをGSviewのconvertでまたepsに書き出すと、gnuplotで作成したときと同じオーダーのサイズに戻るようだ。これはイラストレータを通したことによるいらないデータがそぎ落とされるからだろう。これは使える手だと思ってページを改訂した。
奨学金返還免除の候補者選びの面接に行けることになった。6分でプレゼンをする。がんばろう。

Intelのライブラリ内にあるLapackのサブルーチンを使って逆行列を計算する箇所があるのだが、エラーを返さなくてもおかしい結果になることがあることがわかった。逆行列があるのかどうかを調べるために固有値を求めてみると（逆行列は固有値の並んだ対角行列のおのおのの逆数をとり、固有ベクトルからなる直交行列とそのダガーをひっくり返したものになるから）、固有値の一部が丸め誤差っぽい微小量になっていることがわかった。これを回避するため、パラメータをひとつ増やしてそれを小さな値にしたら逆行列がきちんと求まった。これらは人から教えてもらった方法。

奨学金の面接用のスライドを作った。そのほかはダイヤモンドのプログラムをいじっていた。物理的には金属相であるはずのパラメータ領域で金属相にならない。バグがどこにあるのか、それを探していた。

ダイヤモンドのプログラム、y方向を長さ1にして二次元にする場合とz方向を二次元にする場合が両方きちんとしたグラフェンになるようにしたいのだが、y方向をきちんとするとz方向がおかしくなり、z方向をきちんとするとy方向がおかしくなる。たぶん対称性のよい座標系をとっていないからだと思うのだが、空間認識が難しい。

奨学金免除候補者面接があったので本郷に行ってきた。たくさんの先生方がいた。自分なりにはやれたように思うが果たして。