(Rで)塩基配列解析 ～NGS、RNA-seq、ゲノム、トランスクリプトーム、正規化、発現変動、統計、モデル、バイオインフォマティクス～
  (last modified 2014/05/09, since 2010)

in_f <- "annotation.txt"               #入力ファイル名(目的のタブ区切りテキストファイル)を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 5                             #in_f1で読み込む目的のファイルの何列目のデータに対してサーチしたいかを指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f, header=TRUE, sep="\t", quote="")#in_fで指定したファイルの読み込み
dim(data)                              #オブジェクトdataの行数と列数を表示

#本番
hoge <- sample(1:nrow(data), param)    #入力ファイルの行数までの整数の中からparamで指定した数だけ非復元抽出した結果をhogeに格納
out <- data[sort(hoge),]               #hogeで指定した行のみ抽出した結果をoutに格納
dim(out)                               #オブジェクトoutの行数と列数を表示

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "annotation.txt"               #入力ファイル名(目的のタブ区切りテキストファイル)を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 5                             #in_f1で読み込む目的のファイルの何列目のデータに対してサーチしたいかを指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f, header=FALSE, sep="\t", quote="")#in_fで指定したファイルの読み込み
dim(data)                              #オブジェクトdataの行数と列数を表示

#本番
hoge <- sample(1:nrow(data), param)    #入力ファイルの行数までの整数の中からparamで指定した数だけ非復元抽出した結果をhogeに格納
out <- data[sort(hoge),]               #hogeで指定した行のみ抽出した結果をoutに格納
dim(out)                               #オブジェクトoutの行数と列数を表示

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F, col.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "human_annotation_sub.gtf"     #入力ファイル名(目的のタブ区切りテキストファイル)を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "chr"                         #挿入したい文字列を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f, header=FALSE, sep="\t", quote="")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番(文字列挿入)
data[,1] <- paste(param, data[,1], sep="")#入力ファイルの行数までの整数の中からparamで指定した数だけ非復元抽出した結果をobjに格納

#ファイルに保存
write.table(data, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F, col.names=F)#dataの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "annotation.txt"              #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "genelist1.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 1                             #アノテーションファイル中の検索したい列番号を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f1, header=TRUE, sep="\t", quote="")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
dim(data)                              #オブジェクトdataの行数と列数を表示

#本番
obj <- is.element(as.character(data[,param]), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- data[obj,]                      #objがTRUEとなる行のみ抽出した結果をoutに格納
dim(out)                               #オブジェクトoutの行数と列数を表示

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "annotation.txt"              #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "genelist2.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 1                             #アノテーションファイル中の検索したい列番号を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f1, header=TRUE, sep="\t", quote="")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番
obj <- is.element(as.character(data[,param]), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- data[obj,]                      #objがTRUEとなる行のみ抽出した結果をoutに格納

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "annotation.txt"              #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "genelist2.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 3                             #アノテーションファイル中の検索したい列番号を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f1, header=TRUE, sep="\t", quote="")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番
obj <- is.element(as.character(data[,param]), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- data[obj,]                      #objがTRUEとなる行のみ抽出した結果をoutに格納

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "annotation.txt"              #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "genelist1.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge4.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f1)               #in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番(リストファイル中の要素数分だけループを回して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得て、その行のみ出力)
keywords <- unique(keywords)           #リストファイル中の要素が重複している可能性があるので、重複なしの状態にしている
hoge <- NULL                           #最終的に欲しい行番号情報を格納するためのプレースホルダ
for(i in 1:length(keywords)){          #length(keywords)で表現される要素数分だけループを回す
    hoge <- c(hoge, c(grep(keywords[i], data)))#リストファイル中の要素ごとに検索をかけて要素中の文字列と一致する行番号情報をhogeにどんどん格納している
    if(i%%10 == 0) cat(i, "/", length(keywords), "finished\n")#進行状況を表示させてるだけ
}
hoge <- unique(hoge)                   #得られるhogeベクトルは重複している可能性があるので重複を除いている
out <- data[hoge]                      #hogeで指定したもののみ抽出した結果をoutに格納(dataオブジェクトは行列ではないことに注意！)

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存

#以下は（こんなこともできますという）おまけ
#リストファイル中にあるキーワードごとに、それが見つかった行番号情報を出力
out_f2 <- "hoge4_hoge.txt"             #出力ファイル名を指定してout_fに格納
hoge2 <- NULL                          #欲しい行番号情報をリスト形式で格納するためのプレースホルダ
for(i in 1:length(keywords)){          #length(keywords)で表現される要素数分だけループを回す
    hoge2 <- c(hoge2, list(grep(keywords[i], data)))#リストファイル中の要素ごとに検索をかけて要素中の文字列と一致する行番号情報を(キーワードごとに取り扱うため)リスト形式でhoge2にどんどん格納している
}
hoge3 <- sapply(hoge2, paste, collapse="\t")#hoge2はリスト形式になっているので、リストの各成分中の要素を"\t"で結合し、成分数が要素数になるようなベクトルhoge3を作成している(出力に用いるwriteLines関数がベクトル中の一要素を一行で出力する仕様になっている。それに合わせるための小細工です)
hoge4 <- paste(keywords, hoge3, sep="\t")#一番左側が検索に用いたリストファイル中のキーワードになるようなベクトルhoge4を作成
writeLines(hoge4, out_f2)              #hoge4の中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "annotation.txt"              #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "genelist1.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge5.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 1                            #アノテーションファイル中の検索したい列番号を指定
param2 <- 4                            #出力したい列番号を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f1, header=TRUE, sep="\t", quote="")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番
obj <- is.element(as.character(data[,param1]), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- data[obj,param2]                #objがTRUEとなる行の(param2)列目の情報のみ抽出した結果をoutに格納

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "annotation.txt"              #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "genelist1.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge6.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f1)               #in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番(リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得て、その行のみ出力)
keywords <- unique(keywords)           #リストファイル中の要素が重複している可能性があるので、重複なしの状態にしている
hoge <- sapply(keywords, grep, x=data) #リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得ている
hoge <- unique(hoge)                   #得られるhogeベクトルは重複している可能性があるので重複を除いている
out <- data[hoge]                      #hogeで指定したもののみ抽出した結果をoutに格納(dataオブジェクトは行列ではないことに注意！)

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "GPL1355-14795.txt"           #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "result_rankprod_BAT_id.txt"  #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge7.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f1)               #in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番(リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得て、その行のみ出力)
keywords <- unique(keywords)           #リストファイル中の要素が重複している可能性があるので、重複なしの状態にしている
hoge <- sapply(keywords, grep, x=data) #リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得ている
hoge <- unique(hoge)                   #得られるhogeベクトルは重複している可能性があるので重複を除いている
out <- data[hoge]                      #hogeで指定したもののみ抽出した結果をoutに格納(dataオブジェクトは行列ではないことに注意！)

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "GPL1355-14795.txt"           #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "result_rankprod_BAT_id.txt"  #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge8.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f1)               #in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番(リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得て、その行のみ出力)
keywords <- unique(keywords)           #リストファイル中の要素が重複している可能性があるので、重複なしの状態にしている
hoge <- sapply(paste("^", keywords, sep=""), grep, x=data)#リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得ている
hoge <- unique(hoge)                   #得られるhogeベクトルは重複している可能性があるので重複を除いている
out <- data[hoge]                      #hogeで指定したもののみ抽出した結果をoutに格納(dataオブジェクトは行列ではないことに注意！)

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "GPL1355-14795.txt"           #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "result_rankprod_BAT_id.txt"  #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge9.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 13                            #出力したい列番号を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f1)               #in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み

#本番(リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得て、その行のみ出力)
keywords <- unique(keywords)           #リストファイル中の要素が重複している可能性があるので、重複なしの状態にしている
hoge <- sapply(paste("^", keywords, sep=""), grep, x=data)#リストファイル中の要素一つ一つに対して、要素中の文字列と一致する行番号情報を得ている
hoge <- unique(hoge)                   #得られるhogeベクトルは重複している可能性があるので重複を除いている
hoge2 <- data[hoge]                    #ベクトルdataからobjがTRUEとなる要素のみを抽出した結果をhoge2に格納(dataオブジェクトは行列ではないことに注意！)
hoge3 <- strsplit(hoge2, "\t")         #hoge2ベクトル中の各要素を「タブ(\t)」で区切って分割した結果をhoge3に格納
out <- unlist(lapply(hoge3, "[[", param))#hoge3のリスト中の(param)番目の要素のみ抽出した結果outに格納

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "GPL1355-14795.txt"           #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "result_rankprod_BAT_id.txt"  #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge10.txt"                  #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 13                            #出力したい列番号を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f1)               #in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
keywords <- unique(keywords)           #リストファイル中の要素が重複している可能性があるので、重複なしの状態にしている

#アノテーション情報ファイル中で"#"から始まる行を除いて(param)列目の情報を抽出している
hoge <- grep("^#", data)               #正規表現で"#"から始まる行の位置情報を抽出してhogeに格納
data <- data[-hoge]                    #ベクトルdataからhoge中の数値に対応する要素の除いた結果をdataに格納
hoge1 <- strsplit(data, "\t")          #dataベクトル中の各要素を「タブ(\t)」で区切って分割した結果をhoge1に格納
hoge2 <- unlist(lapply(hoge1, "[[", param))#hoge1のリスト中の(param)番目の要素のみ抽出してhoge2に格納
names(hoge2) <- unlist(lapply(hoge1, "[[", 1))#hoge1のリスト中の1番目の要素が遺伝子IDと対応するので、これをhoge2のnames属性として割り当てる

#本番(keywords中の要素に対応するRefSeq IDを取得)
hoge3 <- hoge2[keywords]               #hoge2ベクトルの中から、names(hoge2)がkeywordsと一致するものを抽出してhoge3に格納
out <- unique(hoge3)                   #重複を除去している

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "GPL1355-14795.txt"           #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(アノテーションファイル)
in_f2 <- "result_rankprod_BAT_id.txt"  #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f1 <- "result_rankprod_BAT_RefSeq_DEG.txt"#出力ファイル名1を指定
out_f2 <- "result_rankprod_BAT_RefSeq_nonDEG.txt"#出力ファイル名2を指定
param <- 13                            #出力したい列番号を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- readLines(in_f1)               #in_f1で指定したファイルの読み込み
geneid_DEG <- readLines(in_f2)         #in_f2で指定したファイルの読み込み

#アノテーション情報ファイル中で"#"から始まる行を除いて(param)列目の情報を抽出している
hoge <- grep("^#", data)               #正規表現で"#"から始まる行の位置情報を抽出してhogeに格納
data <- data[-hoge]                    #ベクトルdataからhoge中の数値に対応する要素の除いた結果をdataに格納
hoge1 <- strsplit(data, "\t")          #dataベクトル中の各要素を「タブ(\t)」で区切って分割した結果をhoge1に格納
hoge2 <- unlist(lapply(hoge1, "[[", param))#hoge1のリスト中の(param)番目の要素のみ抽出してhoge2に格納
names(hoge2) <- unlist(lapply(hoge1, "[[", 1))#hoge1のリスト中の1番目の要素が遺伝子IDと対応するので、これをhoge2のnames属性として割り当てる

#本番
tmp_DEG <- unique(hoge2[geneid_DEG])   #hoge2ベクトルの中から、names(hoge2)がgeneid_DEGと一致するものを抽出し、重複を除いてtmp_DEGに格納
geneid_nonDEG <- setdiff(names(hoge2), geneid_DEG)#読み込んだ遺伝子IDリストファイル中のID以外のものをgeneid_nonDEGに格納
tmp_nonDEG <- unique(hoge2[geneid_nonDEG])#hoge2ベクトルの中から、names(hoge2)がgeneid_nonDEGと一致するものを抽出し、重複を除いてtmp_nonDEGに格納

common <- intersect(tmp_DEG, tmp_nonDEG)#tmp_DEGとtmp_nonDEGベクトル間の積集合をcommonに格納
out_DEG <- setdiff(tmp_DEG, common)    #tmp_DEGとcommon間の差集合をout_DEGに格納
out_nonDEG <- setdiff(tmp_nonDEG, common)#tmp_nonDEGとcommon間の差集合をout_nonDEGに格納

#ファイルに保存
writeLines(out_DEG, out_f1)            #out_DEGの中身を指定したファイル名で保存
writeLines(out_nonDEG, out_f2)         #out_nonDEGの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "annotation.txt"               #入力ファイル名を指定してin_fに格納(アノテーションファイル)
out_f <- "hoge12.txt"                  #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 1                            #アノテーションファイル中の検索したい列番号を指定
param2 <- c("gene1", "gene7", "gene9") #検索したい文字列を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f, header=TRUE, sep="\t", quote="")#in_fで指定したファイルの読み込み
dim(data)                              #オブジェクトdataの行数と列数を表示

#本番
obj <- is.element(as.character(data[,param1]), param2)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- data[obj,]                      #objがTRUEとなる行のみ抽出した結果をoutに格納
dim(out)                               #オブジェクトoutの行数と列数を表示

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "annotation2.txt"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納(アノテーションファイル)
out_f <- "hoge13.txt"                  #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 1                            #アノテーションファイル中の検索したい列番号を指定
param2 <- c("gene1", "gene7", "gene9") #検索したい文字列を指定

#入力ファイルの読み込み
data <- read.table(in_f, header=F, sep="\t", quote="")#in_fで指定したファイルの読み込み
dim(data)                              #オブジェクトdataの行数と列数を表示

#本番
obj <- is.element(as.character(data[,param1]), param2)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- data[obj,]                      #objがTRUEとなる行のみ抽出した結果をoutに格納
dim(out)                               #オブジェクトoutの行数と列数を表示

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F, col.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

param1 <- 50                           #配列長を指定
narabi <- c("A","C","G","T")           #以下の数値指定時にACGTの並びを間違えないようにするために記述している（内部的にも使用してます）
param2 <- c(20, 30, 30, 20)            #(A,C,G,Tの並びで)各塩基の存在比率を指定

#param2で指定したACGTの比率で配列を生成しoutに格納するところ
ACGTset <- rep(narabi, param2)         #narabi中の塩基がparam2で指定した数だけ存在する文字列ベクトルACGTsetを作成
out <- paste(sample(ACGTset, param1, replace=T), collapse="")#ACGTsetの文字型ベクトルからparam1回分だけ復元抽出して得られた塩基配列をoutに格納
out                                    #確認してるだけです
	

out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 70                           #配列長を指定
narabi <- c("A","C","G","T")           #以下の数値指定時にACGTの並びを間違えないようにするために記述している（内部的にも使用してます）
param2 <- c(23, 27, 28, 22)            #(A,C,G,Tの並びで)各塩基の存在比率を指定
param3 <- "kkk"                        #FASTA形式ファイルのdescription行に記述する内容

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#本番(配列生成)
ACGTset <- rep(narabi, param2)         #narabi中の塩基がparam2で指定した数だけ存在する文字列ベクトルACGTsetを作成
hoge <- paste(sample(ACGTset, param1, replace=T), collapse="")#ACGTsetの文字型ベクトルからparam1回分だけ復元抽出して得られた塩基配列をhogeに格納

#本番(FASTA形式に変換)
fasta <- DNAStringSet(hoge)            #DNA塩基配列だと認識させるDNAStringSet関数を適用した結果をfastaに格納
names(fasta) <- param3                 #description行に相当する記述を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- c(24, 103, 65)               #配列長を指定
narabi <- c("A","C","G","T")           #以下の数値指定時にACGTの並びを間違えないようにするために記述している（内部的にも使用してます）
param2 <- c(20, 30, 30, 20)            #(A,C,G,Tの並びで)各塩基の存在比率を指定
param3 <- "contig"                     #FASTA形式ファイルのdescription行に記述する内容

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#本番(配列生成)
ACGTset <- rep(narabi, param2)         #narabi中の塩基がparam2で指定した数だけ存在する文字列ベクトルACGTsetを作成
hoge <- NULL                           #hogeというプレースホルダの作成
for(i in 1:length(param1)){            #length(param1)で表現される配列数分だけループを回す
    hoge <- c(hoge, paste(sample(ACGTset, param1[i], replace=T), collapse=""))#ACGTsetの文字型ベクトルからparam1[i]回分だけ復元抽出して得られた塩基配列をhogeに格納
}

#本番(FASTA形式に変換)
fasta <- DNAStringSet(hoge)            #DNA塩基配列だと認識させるDNAStringSet関数を適用した結果をfastaに格納
names(fasta) <- paste(param3, 1:length(hoge), sep="_")#description行に相当する記述を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "seq_length.txt"               #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge4.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
narabi <- c("A","C","G","T")           #以下の数値指定時にACGTの並びを間違えないようにするために記述している（内部的にも使用してます）
param2 <- c(26, 27, 24, 23)            #(A,C,G,Tの並びで)各塩基の存在比率を指定
param3 <- "contig"                     #FASTA形式ファイルのdescription行に記述する内容

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
param1 <- readLines(in_f)              #in_fで指定したファイルの読み込み

#本番(配列生成)
ACGTset <- rep(narabi, param2)         #narabi中の塩基がparam2で指定した数だけ存在する文字列ベクトルACGTsetを作成
hoge <- NULL                           #hogeというプレースホルダの作成
for(i in 1:length(param1)){            #length(param1)で表現される配列数分だけループを回す
    hoge <- c(hoge, paste(sample(ACGTset, param1[i], replace=T), collapse=""))#ACGTsetの文字型ベクトルからparam1[i]回分だけ復元抽出して得られた塩基配列をhogeに格納
}

#本番(FASTA形式に変換)
fasta <- DNAStringSet(hoge)            #DNA塩基配列だと認識させるDNAStringSet関数を適用した結果をfastaに格納
names(fasta) <- paste(param3, 1:length(hoge), sep="_")#description行に相当する記述を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge5.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- c(48, 160, 100, 123)         #配列長を指定
narabi <- c("A","C","G","T")           #以下の数値指定時にACGTの並びを間違えないようにするために記述している（内部的にも使用してます）
param2 <- c(28, 22, 26, 24)            #(A,C,G,Tの並びで)各塩基の存在比率を指定
param3 <- "chr"                        #FASTA形式ファイルのdescription行に記述する内容

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#本番(配列生成)
set.seed(1000)                         #おまじない（同じ乱数になるようにするため）
ACGTset <- rep(narabi, param2)         #narabi中の塩基がparam2で指定した数だけ存在する文字列ベクトルACGTsetを作成
hoge <- NULL                           #hogeというプレースホルダの作成
for(i in 1:length(param1)){            #length(param1)で表現される配列数分だけループを回す
    hoge <- c(hoge, paste(sample(ACGTset, param1[i], replace=T), collapse=""))#ACGTsetの文字型ベクトルからparam1[i]回分だけ復元抽出して得られた塩基配列をhogeに格納
}

#本番(FASTA形式に変換)
fasta <- DNAStringSet(hoge)            #DNA塩基配列だと認識させるDNAStringSet関数を適用した結果をfastaに格納
names(fasta) <- paste(param3, 1:length(hoge), sep="_")#description行に相当する記述を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge6.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- c(48, 160, 100, 123)         #配列長を指定
narabi <- c("A","C","G","T")           #以下の数値指定時にACGTの並びを間違えないようにするために記述している（内部的にも使用してます）
param2 <- c(28, 22, 26, 24)            #(A,C,G,Tの並びで)各塩基の存在比率を指定
param3 <- "chr"                        #FASTA形式ファイルのdescription行に記述する内容

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#塩基置換関数の作成
enkichikan <- function(fa, p) {        #関数名や引数の作成
  t <- substring(fa, p, p)             #置換したい位置の塩基を取りだす
  t_c <- chartr("CGAT", "GCTA", t)     #置換後の塩基を作成
  substring(fa, p, p) <- t_c           #置換
  return(fa)                           #置換後のデータを返す
}

#本番(配列生成)
set.seed(1000)                         #おまじない（同じ乱数になるようにするため）
ACGTset <- rep(narabi, param2)         #narabi中の塩基がparam2で指定した数だけ存在する文字列ベクトルACGTsetを作成
hoge <- NULL                           #hogeというプレースホルダの作成
for(i in 1:length(param1)){            #length(param1)で表現される配列数分だけループを回す
    hoge <- c(hoge, paste(sample(ACGTset, param1[i], replace=T), collapse=""))#ACGTsetの文字型ベクトルからparam1[i]回分だけ復元抽出して得られた塩基配列をhogeに格納
}

#本番(chr3の配列をchr5としてコピーし、2番目と7番目の塩基をそれぞれ置換)
hoge <- c(hoge, hoge[3])               #chr3に相当する配列を追加している
hoge[5] <- enkichikan(hoge[5], 2)      #hoge[5]の2番目の塩基を置換
hoge[5] <- enkichikan(hoge[5], 7)      #hoge[5]の7番目の塩基を置換

#本番(FASTA形式に変換)
fasta <- DNAStringSet(hoge)            #DNA塩基配列だと認識させるDNAStringSet関数を適用した結果をfastaに格納
names(fasta) <- paste(param3, 1:length(hoge), sep="_")#description行に相当する記述を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 3                             #欲しい連続塩基の長さ情報を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#本番
out <- mkAllStrings(c("A", "C", "G", "T"), param)#(param)連続塩基の全ての可能な配列情報をoutに格納

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 5                             #欲しい連続塩基の長さ情報を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#本番
out <- mkAllStrings(c("A", "C", "G", "T"), param)#(param)連続塩基の全ての可能な配列情報をoutに格納

#ファイルに保存
writeLines(out, out_f)                 #outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample1.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 5                            #置換したい塩基の位置を指定
param2 <- "G"                          #置換後の塩基を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです
hoge <- as.character(fasta)            #文字列に置換

#本番
substring(hoge, param1, param1) <- param2#param1で指定した位置の塩基をparam2で指定した塩基に置換
hoge <- DNAStringSet(hoge)             #DNAStringSetオブジェクトに変換した結果をhogeに格納
names(hoge) <- names(fasta)            #description部分の情報に相当するnames(fasta)をnames(hoge)に格納している
fasta <- hoge                          #hogeの中身をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample2.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 5                            #置換したい塩基の位置を指定
param2 <- "G"                          #置換後の塩基を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです
hoge <- as.character(fasta)            #文字列に置換

#本番
substring(hoge, param1, param1) <- param2#param1で指定した位置の塩基をparam2で指定した塩基に置換
hoge <- DNAStringSet(hoge)             #DNAStringSetオブジェクトに変換した結果をhogeに格納
names(hoge) <- names(fasta)            #description部分の情報に相当するnames(fasta)をnames(hoge)に格納している
fasta <- hoge                          #hogeの中身をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample2.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 5                            #置換したい塩基の位置を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#塩基置換関数の作成
DNAString_chartr <- function(fa, p) {  #関数名や引数の作成
  str_list <- as.character(fa)         #文字列に変更
  t <- substring(str_list, p, p)       #置換したい位置の塩基を取りだす
  t_c <- chartr("CGAT", "GCTA", t)     #置換後の塩基を作成
  substring(str_list, p, p) <- t_c     #置換
  fa_r <- DNAStringSet(str_list)       #DNAStringSetオブジェクトに戻す
  names(fa_r) <- names(fa)             #description部分の情報を追加
  return(fa_r)                         #置換後のデータを返す
}

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- DNAString_chartr(fasta, param1)#param1で指定した位置の塩基置換を実行した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample1.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- c(3, 9)                       #抽出したい範囲の始点と終点を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- subseq(fasta, param[1], param[2])#paramで指定した始点と終点の範囲の配列を抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "NM_203348.1"                #取得したい配列のアクセッション番号を指定
param2 <- c(2, 5)                      #抽出したい範囲の始点と終点を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- as.logical(names(fasta) == param1)        #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- subseq(fasta[obj], param2[1], param2[2])#objがTRUEとなる配列のみに対して、param2で指定した始点と終点の範囲の配列を抽出した結果をfasta格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "h_rna.fasta"                 #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub1.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
posi <- read.table(in_f2)              #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge <- NULL                           #最終的に得る結果を格納するためのプレースホルダhogeを作成しているだけ
for(i in 1:nrow(posi)){                #length(posi)回だけループを回す
    obj <- names(fasta) == posi[i,1]   #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
    hoge <- append(hoge, subseq(fasta[obj], start=posi[i,2], end=posi[i,3]))#subseq関数を用いてobjがTRUEとなるもののみに対して、posi[i,2]とposi[i,3]で与えた範囲に対応する部分配列を抽出した結果をhogeにどんどん格納している
}
fasta <- hoge                          #hogeの中身をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "hoge4.fa"                    #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub2.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge4.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
posi <- read.table(in_f2)              #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge <- NULL                           #最終的に得る結果を格納するためのプレースホルダhogeを作成しているだけ
for(i in 1:nrow(posi)){                #length(posi)回だけループを回す
    obj <- names(fasta) == posi[i,1]   #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
    hoge <- append(hoge, subseq(fasta[obj], start=posi[i,2], end=posi[i,3]))#subseq関数を用いてobjがTRUEとなるもののみに対して、posi[i,2]とposi[i,3]で与えた範囲に対応する部分配列を抽出した結果をhogeにどんどん格納している
}
fasta <- hoge                          #hogeの中身をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "ref_genome.fa"               #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub3.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge5.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
posi <- read.table(in_f2)              #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge <- NULL                           #最終的に得る結果を格納するためのプレースホルダhogeを作成しているだけ
for(i in 1:nrow(posi)){                #length(posi)回だけループを回す
    obj <- names(fasta) == posi[i,1]   #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
    hoge <- append(hoge, subseq(fasta[obj], start=posi[i,2], end=posi[i,3]))#subseq関数を用いてobjがTRUEとなるもののみに対して、posi[i,2]とposi[i,3]で与えた範囲に対応する部分配列を抽出した結果をhogeにどんどん格納している
}
fasta <- hoge                          #hogeの中身をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#後処理(description部分の作成)
description <- paste(posi[,1], posi[,2], posi[,3], sep="_")#行列posiの各列を"_"で結合したものをdescriptionに格納
names(fasta) <- description            #description行に相当する記述を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "NM_203348.1"                #取得したい配列のアクセッション番号を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- as.logical(names(fasta) == param1)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "NM_203348"                  #取得したい配列のアクセッション番号を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- as.logical(names(fasta) == param1)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "NM_203348.1 "               #取得したい配列のアクセッション番号を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- as.logical(names(fasta) == param1)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "h_rna.fasta"                 #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub5.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge4.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- is.element(names(fasta), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "h_rna.fasta"                 #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub6.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge5.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- is.element(names(fasta), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "hoge4.fa"                    #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub7.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge6.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- is.element(names(fasta), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "ref_genome.fa"               #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub8.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge7.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- is.element(names(fasta), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "ref_genome_redun.fa"         #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub8.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge8.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- is.element(names(fasta), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "ref_genome_redun.fa"         #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub8.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge9.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f1, format="fasta")#in_f1で指定したファイルの読み込み
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- is.element(names(fasta), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです
fasta <- unique(fasta)                 #重複を除いてnon-redundantにした結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f1 <- "ref_genome_redun.fa"         #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(multi-FASTAファイル)
in_f2 <- "list_sub8.txt"               #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リストファイル)
out_f <- "hoge10.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み
library(seqinr)                        #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込みとDNAStringSet形式への変換
hoge <- read.fasta(in_f, seqtype="DNA", as.string=TRUE)#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta <- DNAStringSet(as.character(hoge))#型変換
names(fasta) <- names(hoge)            #型変換
keywords <- readLines(in_f2)           #in_f2で指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
obj <- is.element(names(fasta), keywords)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる配列のみを抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです
fasta <- unique(fasta)                 #重複を除いてnon-redundantにした結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample1.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
hoge <- translate(fasta)               #fastaをアミノ酸配列に翻訳した結果をhogeに格納
names(hoge) <- names(fasta)            #現状では翻訳した結果のオブジェクトhogeのdescription行が消えてしまうようなので、description部分の情報に相当するnames(fasta)をnames(hoge)に格納している
fasta <- hoge                          #hogeの中身をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
hoge <- translate(fasta)               #fastaをアミノ酸配列に翻訳した結果をhogeに格納
names(hoge) <- names(fasta)            #現状では翻訳した結果のオブジェクトhogeのdescription行が消えてしまうようなので、description部分の情報に相当するnames(fasta)をnames(hoge)に格納している
fasta <- hoge                          #hogeの中身をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#前処理(ACGTのみからなる配列を抽出)
hoge <- rowSums(alphabetFrequency(DNAStringSet(fasta))[,1:4])#A,C,G,T,..の数を配列ごとにカウントした結果をhogeに格納
obj <- (width(fasta) == hoge)          #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fasta <- fasta[obj]                    #objがTRUEとなる要素のみ抽出した結果をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge <- translate(fasta)               #fastaをアミノ酸配列に翻訳した結果をhogeに格納
names(hoge) <- names(fasta)            #現状では翻訳した結果のオブジェクトhogeのdescription行が消えてしまうようなので、description部分の情報に相当するnames(fasta)をnames(hoge)に格納している
fasta <- hoge                          #hogeの中身をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample1.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- complement(fasta)             #fastaオブジェクトの相補鎖をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- complement(fasta)             #fastaオブジェクトの相補鎖をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample1.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- reverseComplement(fasta)      #fastaオブジェクトの逆相補鎖をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- reverseComplement(fasta)      #fastaオブジェクトの逆相補鎖をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample1.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- reverse(fasta)                #fastaオブジェクトの逆鎖をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
fasta <- reverse(fasta)                #fastaオブジェクトの逆鎖をfastaに格納
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta)    #2連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta, as.prob=T)#2連続塩基の出現確率情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta)    #2連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge4.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19" #パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にオブジェクトが一つしかないという前提です）
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta)    #2連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge5.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19" #パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にオブジェクトが一つしかないという前提です）
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta, as.prob=T)#2連続塩基の出現確率情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge6.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9"#パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にオブジェクトが一つしかないという前提です）
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- dinucleotideFrequency(fasta, as.prob=T)#2連続塩基の出現確率情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- trinucleotideFrequency(fasta)   #3連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- trinucleotideFrequency(fasta)   #3連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 4                             #欲しい連続塩基の長さ情報を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param)#(param)連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 2                             #欲しい連続塩基の長さ情報を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param)#(param)連続塩基の出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(fasta), out)        #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 2                             #欲しい連続塩基の長さ情報を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param, simplify.as="collapsed")#(param)連続塩基の全コンティグをまとめた出現頻度情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(out), out)          #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge4.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- 2                             #欲しい連続塩基の長さ情報を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
out <- oligonucleotideFrequency(fasta, width=param, simplify.as="collapsed", as.prob=TRUE)#(param)連続塩基の全コンティグをまとめた出現確率情報をoutに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(names(out), out)          #最初の列にID情報、そのあとに出現頻度情報のoutを結合したtmpを作成
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
param <- "uge"                         #拡張子名を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番(拡張子を変えた出力ファイル名を作成)
out_f <- paste(unlist(strsplit(in_f, ".", fixed=TRUE))[1], param, sep=".")#出力ファイル名を作成してout_fに格納

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
param <- "_processed"                  #追加したい文字列を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番()
hoge1 <- paste(".", unlist(strsplit(in_f, ".", fixed=TRUE))[2], sep="")#"."を含む拡張子部分をhoge1に格納
hoge2 <- paste(param, hoge1, sep="")   #置換後の文字列をhoge2に格納
out_f <- sub(hoge1, hoge2, in_f)       #出力ファイル名を作成してout_fに格納

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

#必要なパッケージをロード
library(BSgenome)                      #パッケージの読み込み

#本番（利用可能なリストアップ；インストール済みとは限らない）
available.genomes()                    #このパッケージ中で利用可能なゲノムをリストアップ

#本番（インストール済みの生物種をリストアップ）
installed.genomes()                    #インストール済みの生物種をリストアップ

#後処理（パッケージ名でだいたいわかるがproviderやversionを分割して表示したい場合）
installed.genomes(splitNameParts=TRUE) #インストール済みの生物種をリストアップ
	

param <- "BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7"#パッケージ名を指定

#本番
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#おまじない
biocLite(param)                        #おまじない

#後処理（インストール済みの生物種をリストアップ）
installed.genomes()                    #インストール済みの生物種をリストアップ
	

out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7"#パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
#tmp <- unlist(strsplit(param, ".", fixed=TRUE))[2]#paramで指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
genome                                 #確認してるだけです

#本番
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge4.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9" #パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
#tmp <- unlist(strsplit(param, ".", fixed=TRUE))[2]#paramで指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
genome                                 #確認してるだけです

#本番
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge5.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19" #パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
#tmp <- unlist(strsplit(param, ".", fixed=TRUE))[2]#paramで指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
genome                                 #確認してるだけです

#本番
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge6.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19"#パッケージ名を指定
param2 <- 24                           #取り出したい染色体数を指定(主要なものから順番に並んでいるので最初の24本に相当)

#必要なパッケージをロード
library(param1, character.only=T)      #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
#tmp <- unlist(strsplit(param1, ".", fixed=TRUE))[2]#指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param1, sep=":"))#指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
genome                                 #確認してるだけです

#本番
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している
fasta <- fasta[1:param2]               #染色体のフィルタリング

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

param <- "BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9"#パッケージ名を指定

#本番
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#おまじない
biocLite(param)                        #おまじない

#後処理（インストール済みの生物種をリストアップ）
installed.genomes()                    #インストール済みの生物種をリストアップ
	

out_f <- "hoge8.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9"#パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
#tmp <- unlist(strsplit(param, ".", fixed=TRUE))[2]#paramで指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
genome                                 #確認してるだけです

#本番
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge9.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38"#パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理(paramで指定したパッケージ中のオブジェクト名をgenomeに統一)
#tmp <- unlist(strsplit(param, ".", fixed=TRUE))[2]#paramで指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
genome <- eval(parse(text=tmp))        #文字列tmpをRオブジェクトとしてgenomeに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
genome                                 #確認してるだけです

#本番
fasta <- getSeq(genome)                #ゲノム塩基配列情報を抽出した結果をfastaに格納
names(fasta) <- seqnames(genome)       #description情報を追加している

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_dataset <- "rnorvegicus_gene_ensembl"#データセット名を指定(「listDatasets(useMart("ensembl"))」にリストアップされているものを指定可能)
param_attribute <- c(                  #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "ensembl_gene_id",      #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "ensembl_transcript_id",#取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "affy_rat230_2",        #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "go_id"                 #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
                    )                  #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)

#必要なパッケージをロード
library(biomaRt)                       #パッケージの読み込み

#前処理（取得可能なアノテーション情報をリストアップ）
mart <- useMart("ensembl",dataset=param_dataset)#データベース名("ensembl")とparam_datasetで指定したデータセット名を与えてmartに格納
listAttributes(mart)                   #指定可能な属性名(Attributes)をリストアップ

#本番（アノテーション情報取得）
out <- getBM(attributes=param_attribute, filters="", values="", mart=mart)#アノテーション情報取得結果をhogeに格納
head(out)                              #確認してるだけです
dim(out)                               #行数と列数を表示

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_dataset <- "hsapiens_gene_ensembl"#データセット名を指定(「listDatasets(useMart("ensembl"))」にリストアップされているものを指定可能)
param_attribute <- c(                  #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "ensembl_transcript_id",#取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "affy_hg_u133_plus_2",  #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "refseq_mrna"           #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
                    )                  #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)

#必要なパッケージをロード
library(biomaRt)                       #パッケージの読み込み

#前処理（取得可能なアノテーション情報をリストアップ）
mart <- useMart("ensembl",dataset=param_dataset)#データベース名("ensembl")とparam_datasetで指定したデータセット名を与えてmartに格納
listAttributes(mart)                   #指定可能な属性名(Attributes)をリストアップ

#本番（アノテーション情報取得）
out <- getBM(attributes=param_attribute, filters="", values="", mart=mart)#アノテーション情報取得結果をhogeに格納
head(out)                              #確認してるだけです
dim(out)                               #行数と列数を表示

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_dataset <- "hsapiens_gene_ensembl"#データセット名を指定(「listDatasets(useMart("ensembl"))」にリストアップされているものを指定可能)
param_attribute <- c(                  #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "refseq_mrna",          #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "hgnc_symbol",          #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "go_id"                 #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
                    )                  #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)

#必要なパッケージをロード
library(biomaRt)                       #パッケージの読み込み

#前処理（取得可能なアノテーション情報をリストアップ）
mart <- useMart("ensembl",dataset=param_dataset)#データベース名("ensembl")とparam_datasetで指定したデータセット名を与えてmartに格納
listAttributes(mart)                   #指定可能な属性名(Attributes)をリストアップ

#本番（アノテーション情報取得）
out <- getBM(attributes=param_attribute, filters="", values="", mart=mart)#アノテーション情報取得結果をhogeに格納
head(out)                              #確認してるだけです
dim(out)                               #行数と列数を表示

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge4.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_dataset <- "hsapiens_gene_ensembl"#データセット名を指定(「listDatasets(useMart("ensembl"))」にリストアップされているものを指定可能)
param_attribute <- c(                  #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "refseq_mrna",          #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "hgnc_symbol",          #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "go_id"                 #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
                    )                  #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
param_filter <- "with_ox_refseq_mrna"  #フィルタリング条件を指定（「listFilters(mart)」にリストアップされているものを指定可能）

#必要なパッケージをロード
library(biomaRt)                       #パッケージの読み込み

#前処理（取得可能なアノテーション情報をリストアップ）
mart <- useMart("ensembl",dataset=param_dataset)#データベース名("ensembl")とparam_datasetで指定したデータセット名を与えてmartに格納
listAttributes(mart)                   #指定可能な属性名(Attributes)をリストアップ

#本番（アノテーション情報取得）
out <- getBM(attributes=param_attribute, filters=param_filter, values=list(TRUE), mart=mart)#アノテーション情報取得結果をhogeに格納
head(out)                              #確認してるだけです
dim(out)                               #行数と列数を表示

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge5.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_dataset <- "hsapiens_gene_ensembl"#データセット名を指定(「listDatasets(useMart("ensembl"))」にリストアップされているものを指定可能)
param_attribute <- c(                  #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "refseq_mrna",          #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "hgnc_symbol",          #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
               "go_id"                 #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)
                    )                  #取得したい属性名を指定(「listAttributes(mart)」にリストアップされているものを指定可能)

#必要なパッケージをロード
library(biomaRt)                       #パッケージの読み込み

#前処理（取得可能なアノテーション情報をリストアップ）
mart <- useMart("ensembl",dataset=param_dataset)#データベース名("ensembl")とparam_datasetで指定したデータセット名を与えてmartに格納
listAttributes(mart)                   #指定可能な属性名(Attributes)をリストアップ

#本番（アノテーション情報取得）
out <- getBM(attributes=param_attribute, filters="", values="", mart=mart)#アノテーション情報取得結果をhogeに格納
head(out)                              #確認してるだけです
dim(out)                               #行数と列数を表示

#後処理（行列outの1列目の情報が存在するもののみフィルタリング:「out <- subset(out, refseq_mrna != "")」でもよい）
obj <- out[,1] != ""                   #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
out <- out[obj,]                       #objがTRUEとなる行のみ抽出した結果をoutに格納
dim(out)                               #行数と列数を表示

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

param <- "TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene"#パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理
#tmp <- unlist(strsplit(param, ".", fixed=TRUE))[2]#paramで指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
txdb <- eval(parse(text=tmp))          #文字列tmpをRオブジェクトとしてtxdbに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
txdb                                   #確認してるだけです
	

param <- "TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene"#パッケージ名を指定

#必要なパッケージをロード
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み

#前処理
#tmp <- unlist(strsplit(param, ".", fixed=TRUE))[2]#paramで指定した文字列からオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
txdb <- eval(parse(text=tmp))          #文字列tmpをRオブジェクトとしてtxdbに格納(パッケージ中にはオブジェクトが一つしか存在しないという前提です）
txdb                                   #確認してるだけです
	

param <- "TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene"#パッケージ名を指定

#本番
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#おまじない
biocLite(param)                        #おまじない
	

#必要なパッケージをロード
library(GenomicFeatures)               #パッケージの読み込み
library(rtracklayer)                   #パッケージの読み込み

#前処理(UCSCから取得可能なゲノム情報をリストアップ)
ucscGenomes()                          #ゲノム情報をリストアップ

#前処理(makeTranscriptDbFromUCSC関数で取得可能なtable情報をリストアップ)
supportedUCSCtables()                  #table情報をリストアップ
	

param1 <- "hg19"                       #リファレンスゲノムを指定(「ucscGenomes()[,"db"]」でリストアップされるものを指定可能)
param2 <- "knownGene"                  #table名を指定(「supportedUCSCtables()」でリストアップされるものを指定可能)

#必要なパッケージをロード
library(GenomicFeatures)               #パッケージの読み込み

#前処理
txdb <- makeTranscriptDbFromUCSC(genome=param1, tablename=param2)#TranscriptDbオブジェクトを取得してtxdbに格納
txdb                                   #確認してるだけです
	

param1 <- "hg19"                       #リファレンスゲノムを指定(「ucscGenomes()[,"db"]」でリストアップされるものを指定可能)
param2 <- "ensGene"                    #table名を指定(「supportedUCSCtables()」でリストアップされるものを指定可能)

#必要なパッケージをロード
library(GenomicFeatures)               #パッケージの読み込み

#前処理
txdb <- makeTranscriptDbFromUCSC(genome=param1, tablename=param2)#TranscriptDbオブジェクトを取得してtxdbに格納
txdb                                   #確認してるだけです
transcripts(txdb)                      #確認してるだけです
	

param <- "hsapiens_gene_ensembl"       #データセット名を指定(「listDatasets(useMart("ensembl"))」にリストアップされているものを指定可能)

#必要なパッケージをロード
library(GenomicFeatures)               #パッケージの読み込み

#前処理
txdb <- makeTranscriptDbFromBiomart(dataset=param)#TranscriptDbオブジェクトを取得してtxdbに格納
txdb                                   #確認してるだけです
transcripts(txdb)                      #確認してるだけです
	

param1 <- "mm10"                       #リファレンスゲノムを指定(「ucscGenomes()[,"db"]」でリストアップされるものを指定可能)
param2 <- "ensGene"                    #table名を指定(「supportedUCSCtables()」でリストアップされるものを指定可能)

#必要なパッケージをロード
library(GenomicFeatures)               #パッケージの読み込み

#前処理
txdb <- makeTranscriptDbFromUCSC(genome=param1, tablename=param2)#TranscriptDbオブジェクトを取得してtxdbに格納
txdb                                   #確認してるだけです
transcripts(txdb)                      #確認してるだけです
	

param1 <- "rn5"                        #リファレンスゲノムを指定(「ucscGenomes()[,"db"]」でリストアップされるものを指定可能)
param2 <- "ensGene"                    #table名を指定(「supportedUCSCtables()」でリストアップされるものを指定可能)

#必要なパッケージをロード
library(GenomicFeatures)               #パッケージの読み込み

#前処理
txdb <- makeTranscriptDbFromUCSC(genome=param1, tablename=param2)#TranscriptDbオブジェクトを取得してtxdbに格納
txdb                                   #確認してるだけです
transcripts(txdb)                      #確認してるだけです
	

param1 <- "oviAri3"                    #リファレンスゲノムを指定(「ucscGenomes()[,"db"]」でリストアップされるものを指定可能)
param2 <- "ensGene"                    #table名を指定(「supportedUCSCtables()」でリストアップされるものを指定可能)

#必要なパッケージをロード
library(GenomicFeatures)               #パッケージの読み込み

#前処理
txdb <- makeTranscriptDbFromUCSC(genome=param1, tablename=param2)#TranscriptDbオブジェクトを取得してtxdbに格納
txdb                                   #確認してるだけです
transcripts(txdb)                      #確認してるだけです
	

param1 <- "galGal4"                    #リファレンスゲノムを指定(「ucscGenomes()[,"db"]」でリストアップされるものを指定可能)
param2 <- "ensGene"                    #table名を指定(「supportedUCSCtables()」でリストアップされるものを指定可能)

#必要なパッケージをロード
library(GenomicFeatures)               #パッケージの読み込み

#前処理
txdb <- makeTranscriptDbFromUCSC(genome=param1, tablename=param2)#TranscriptDbオブジェクトを取得してtxdbに格納
txdb                                   #確認してるだけです
transcripts(txdb)                      #確認してるだけです
	

in_f <- "TAIR10_GFF3_genes.gff"        #入力ファイル名を指定してin_fに格納(GFF/GTFファイル)

#必要なパッケージをロード
library(GenomicFeatures)               #パッケージの読み込み

#本番(TranscriptDbオブジェクトの作成)
txdb <- makeTranscriptDbFromGFF(in_f)  #txdbオブジェクトの作成
txdb                                   #確認してるだけです
	

in_f <- "human_annotation_sub3.gtf"    #入力ファイル名を指定してin_fに格納(GFF/GTFファイル)

#必要なパッケージをロード
library(GenomicFeatures)               #パッケージの読み込み

#本番(TranscriptDbオブジェクトの作成)
txdb <- makeTranscriptDbFromGFF(in_f, format="gtf")#txdbオブジェクトの作成
txdb                                   #確認してるだけです
	

in_f1 <- "human_annotation_sub3.gtf"   #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(GFF/GTFファイル)
in_f2 <- "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19" #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リファレンス配列)

#必要なパッケージをロード
library(GenomicFeatures)               #パッケージの読み込み

#前処理(リファレンス配列の染色体名を抽出)
param <- in_f2                         #paramという名前で取り扱いたいだけです
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
hoge <- eval(parse(text=tmp))          #文字列tmpをRオブジェクトとしてhogeに格納
chrominfo <- data.frame(chrom=as.character(seqnames(hoge)),#染色体情報をchrominfoに格納
                        length=as.vector(seqlengths(hoge)),#染色体情報をchrominfoに格納
                      is_circular=hoge@seqinfo@is_circular)#染色体情報をchrominfoに格納

#本番(TranscriptDbオブジェクトの作成)
txdb <- makeTranscriptDbFromGFF(file=in_f1, format="gtf",#txdbオブジェクトの作成
                     exonRankAttributeName="exon_number",#txdbオブジェクトの作成
                      gffGeneIdAttributeName="gene_name",#txdbオブジェクトの作成
                   chrominfo=chrominfo,#txdbオブジェクトの作成
                species=organism(hoge))#txdbオブジェクトの作成
txdb                                   #確認してるだけです
	

in_f1 <- "human_annotation_sub2.gtf"   #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(GFF/GTFファイル)
in_f2 <- "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19" #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リファレンス配列)

#必要なパッケージをロード
library(GenomicFeatures)               #パッケージの読み込み

#前処理(リファレンス配列の染色体名を抽出)
param <- in_f2                         #paramという名前で取り扱いたいだけです
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
hoge <- eval(parse(text=tmp))          #文字列tmpをRオブジェクトとしてhogeに格納
chrominfo <- data.frame(chrom=as.character(seqnames(hoge)),#染色体情報をchrominfoに格納
                        length=as.vector(seqlengths(hoge)),#染色体情報をchrominfoに格納
                      is_circular=hoge@seqinfo@is_circular)#染色体情報をchrominfoに格納

#本番(TranscriptDbオブジェクトの作成)
txdb <- makeTranscriptDbFromGFF(file=in_f1, format="gtf",#txdbオブジェクトの作成
                     exonRankAttributeName="exon_number",#txdbオブジェクトの作成
                      gffGeneIdAttributeName="gene_name",#txdbオブジェクトの作成
                   chrominfo=chrominfo,#txdbオブジェクトの作成
                species=organism(hoge))#txdbオブジェクトの作成
txdb                                   #確認してるだけです
	

in_f1 <- "human_annotation_sub1.gtf"   #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(GFF/GTFファイル)
in_f2 <- "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19" #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(リファレンス配列)

#必要なパッケージをロード
library(GenomicFeatures)               #パッケージの読み込み

#前処理(リファレンス配列の染色体名を抽出)
param <- in_f2                         #paramという名前で取り扱いたいだけです
library(param, character.only=T)       #paramで指定したパッケージの読み込み
tmp <- ls(paste("package", param, sep=":"))#paramで指定したパッケージで利用可能なオブジェクト名を取得した結果をtmpに格納
hoge <- eval(parse(text=tmp))          #文字列tmpをRオブジェクトとしてhogeに格納
chrominfo <- data.frame(chrom=as.character(seqnames(hoge)),#染色体情報をchrominfoに格納
                        length=as.vector(seqlengths(hoge)),#染色体情報をchrominfoに格納
                      is_circular=hoge@seqinfo@is_circular)#染色体情報をchrominfoに格納

#本番(TranscriptDbオブジェクトの作成)
txdb <- makeTranscriptDbFromGFF(file=in_f1, format="gtf",#txdbオブジェクトの作成
                     exonRankAttributeName="exon_number",#txdbオブジェクトの作成
                      gffGeneIdAttributeName="gene_name",#txdbオブジェクトの作成
                   chrominfo=chrominfo,#txdbオブジェクトの作成
                species=organism(hoge))#txdbオブジェクトの作成
txdb                                   #確認してるだけです
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番(基本情報取得)
Total_len <- sum(width(fasta))         #コンティグの「トータルの長さ」を取得
Number_of_contigs <- length(fasta)     #「コンティグ数」を取得
Average_len <- mean(width(fasta))      #コンティグの「平均長」を取得
Median_len <- median(width(fasta))     #コンティグの「中央値」を取得
Max_len <- max(width(fasta))           #コンティグの長さの「最大値」を取得
Min_len <- min(width(fasta))           #コンティグの長さの「最小値」を取得

#本番(N50情報取得)
sorted <- rev(sort(width(fasta)))      #長さ情報を降順にソートした結果をsortedに格納
N50 <- sorted[cumsum(sorted) >= Total_len/2][1]#「N50」(Total_lenの50%に達したときのコンティグ長)を取得

#本番(GC含量情報取得)
hoge <- alphabetFrequency(fasta)       #A,C,G,T,..の数を配列ごとにカウントした結果をhogeに格納
CG <- rowSums(hoge[,2:3])              #C,Gの総数を計算してCGに格納
ACGT <- rowSums(hoge[,1:4])            #A,C,G,Tの総数を計算してACGTに格納
GC_content <- sum(CG)/sum(ACGT)        #トータルのGC含量の情報を取得

#ファイルに保存
tmp <- NULL
tmp <- rbind(tmp, c("Total length (bp)", Total_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Number of contigs", Number_of_contigs))
tmp <- rbind(tmp, c("Average length", Average_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Median length", Median_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Max length", Max_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Min length", Min_len))
tmp <- rbind(tmp, c("N50", N50))
tmp <- rbind(tmp, c("GC content", GC_content))
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "h_rna.fasta"                  #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番(基本情報取得)
Total_len <- sum(width(fasta))         #コンティグの「トータルの長さ」を取得
Number_of_contigs <- length(fasta)     #「コンティグ数」を取得
Average_len <- mean(width(fasta))      #コンティグの「平均長」を取得
Median_len <- median(width(fasta))     #コンティグの「中央値」を取得
Max_len <- max(width(fasta))           #コンティグの長さの「最大値」を取得
Min_len <- min(width(fasta))           #コンティグの長さの「最小値」を取得

#本番(N50情報取得)
sorted <- rev(sort(width(fasta)))      #長さ情報を降順にソートした結果をsortedに格納
N50 <- sorted[cumsum(sorted) >= Total_len/2][1]#「N50」(Total_lenの50%に達したときのコンティグ長)を取得

#本番(GC含量情報取得)
hoge <- alphabetFrequency(fasta)       #A,C,G,T,..の数を配列ごとにカウントした結果をhogeに格納
CG <- rowSums(hoge[,2:3])              #C,Gの総数を計算してCGに格納
ACGT <- rowSums(hoge[,1:4])            #A,C,G,Tの総数を計算してACGTに格納
GC_content <- sum(CG)/sum(ACGT)        #トータルのGC含量の情報を取得

#ファイルに保存
tmp <- NULL
tmp <- rbind(tmp, c("Total length (bp)", Total_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Number of contigs", Number_of_contigs))
tmp <- rbind(tmp, c("Average length", Average_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Median length", Median_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Max length", Max_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Min length", Min_len))
tmp <- rbind(tmp, c("N50", N50))
tmp <- rbind(tmp, c("GC content", GC_content))
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "hoge4.fa"                     #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み
library(seqinr)                        #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込みとDNAStringSet形式への変換
hoge <- read.fasta(in_f, seqtype="DNA", as.string=TRUE)#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta <- DNAStringSet(as.character(hoge))#型変換
names(fasta) <- names(hoge)            #型変換

#本番(基本情報取得)
Total_len <- sum(width(fasta))         #コンティグの「トータルの長さ」を取得
Number_of_contigs <- length(fasta)     #「コンティグ数」を取得
Average_len <- mean(width(fasta))      #コンティグの「平均長」を取得
Median_len <- median(width(fasta))     #コンティグの「中央値」を取得
Max_len <- max(width(fasta))           #コンティグの長さの「最大値」を取得
Min_len <- min(width(fasta))           #コンティグの長さの「最小値」を取得

#本番(N50情報取得)
sorted <- rev(sort(width(fasta)))      #長さ情報を降順にソートした結果をsortedに格納
N50 <- sorted[cumsum(sorted) >= Total_len/2][1]#「N50」(Total_lenの50%に達したときのコンティグ長)を取得

#本番(GC含量情報取得)
hoge <- alphabetFrequency(fasta)       #A,C,G,T,..の数を配列ごとにカウントした結果をhogeに格納
CG <- rowSums(hoge[,2:3])              #C,Gの総数を計算してCGに格納
ACGT <- rowSums(hoge[,1:4])            #A,C,G,Tの総数を計算してACGTに格納
GC_content <- sum(CG)/sum(ACGT)        #トータルのGC含量の情報を取得

#ファイルに保存
tmp <- NULL
tmp <- rbind(tmp, c("Total length (bp)", Total_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Number of contigs", Number_of_contigs))
tmp <- rbind(tmp, c("Average length", Average_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Median length", Median_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Max length", Max_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Min length", Min_len))
tmp <- rbind(tmp, c("N50", N50))
tmp <- rbind(tmp, c("GC content", GC_content))
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "TAIR10_chr_all.fas"           #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge4.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み

#本番(基本情報取得)
Total_len <- sum(width(fasta))         #コンティグの「トータルの長さ」を取得
Number_of_contigs <- length(fasta)     #「コンティグ数」を取得
Average_len <- mean(width(fasta))      #コンティグの「平均長」を取得
Median_len <- median(width(fasta))     #コンティグの「中央値」を取得
Max_len <- max(width(fasta))           #コンティグの長さの「最大値」を取得
Min_len <- min(width(fasta))           #コンティグの長さの「最小値」を取得

#本番(N50情報取得)
sorted <- rev(sort(width(fasta)))      #長さ情報を降順にソートした結果をsortedに格納
N50 <- sorted[cumsum(sorted) >= Total_len/2][1]#「N50」(Total_lenの50%に達したときのコンティグ長)を取得

#本番(GC含量情報取得)
hoge <- alphabetFrequency(fasta)       #A,C,G,T,..の数を配列ごとにカウントした結果をhogeに格納
CG <- rowSums(hoge[,2:3])              #C,Gの総数を計算してCGに格納
ACGT <- rowSums(hoge[,1:4])            #A,C,G,Tの総数を計算してACGTに格納
GC_content <- sum(CG)/sum(ACGT)        #トータルのGC含量の情報を取得

#ファイルに保存
tmp <- NULL
tmp <- rbind(tmp, c("Total length (bp)", Total_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Number of contigs", Number_of_contigs))
tmp <- rbind(tmp, c("Average length", Average_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Median length", Median_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Max length", Max_len))
tmp <- rbind(tmp, c("Min length", Min_len))
tmp <- rbind(tmp, c("N50", N50))
tmp <- rbind(tmp, c("GC content", GC_content))
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "rat_upstream_1000.fa"         #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "_up_"                       #区切り文字を指定
param2 <- 1                            #分割後に抽出したい要素番号を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge <- strsplit(names(fasta), param1, fixed=TRUE)#names(fasta)中の文字列をparam1で区切った結果をリスト形式でhogeに格納
hoge2 <- unlist(lapply(hoge, "[[", param2))#hogeのリスト中の(param2)番目の要素(これがRefSeq IDに相当)を抽出してhoge2に格納
names(fasta) <- hoge2                  #names(fasta)の中身をhoge2で置換
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "Trinity.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- " "                          #区切り文字を指定
param2 <- 1                            #分割後に抽出したい要素番号を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge <- strsplit(names(fasta), param1, fixed=TRUE)#names(fasta)中の文字列をparam1で区切った結果をリスト形式でhogeに格納
hoge2 <- unlist(lapply(hoge, "[[", param2))#hogeのリスト中の(param2)番目の要素を抽出してhoge2に格納
names(fasta) <- hoge2                  #names(fasta)の中身をhoge2で置換
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "DHFR.fasta"                   #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "|"                          #区切り文字を指定
param2 <- 4                            #分割後に抽出したい要素番号を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge <- strsplit(names(fasta), param1, fixed=TRUE)#names(fasta)中の文字列をparam1で区切った結果をリスト形式でhogeに格納
hoge2 <- unlist(lapply(hoge, "[[", param2))#hogeのリスト中の(param2)番目の要素(これがRefSeq IDに相当)を抽出してhoge2に格納
names(fasta) <- hoge2                  #names(fasta)の中身をhoge2で置換
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "DHFR.fasta"                   #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge4.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "|"                          #区切り文字を指定
param2 <- 4                            #分割後に抽出したい要素番号を指定
param3 <- "."                          #区切り文字を指定
param4 <- 1                            #分割後に抽出したい要素番号を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge <- strsplit(names(fasta), param1, fixed=TRUE)#names(fasta)中の文字列をparam1で区切った結果をリスト形式でhogeに格納
hoge2 <- unlist(lapply(hoge, "[[", param2))#hogeのリスト中の(param2)番目の要素(これがバージョン番号つきのRefSeq IDに相当)を抽出してhoge2に格納
hoge3 <- strsplit(hoge2, param3, fixed=TRUE)#hoge2中の文字列をparam3で区切った結果をリスト形式でhoge3に格納
hoge4 <- unlist(lapply(hoge3, "[[", param4))#hoge3のリスト中の(param4)番目の要素(これがRefSeq IDのバージョン部分以外に相当)を抽出してhoge4に格納
names(fasta) <- hoge4                  #names(fasta)の中身をhoge4で置換
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample_100.fasta"             #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge5.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "|"                          #区切り文字を指定
param2 <- 4                            #分割後に抽出したい要素番号を指定
param3 <- "."                          #区切り文字を指定
param4 <- 1                            #分割後に抽出したい要素番号を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
hoge <- strsplit(names(fasta), param1, fixed=TRUE)#names(fasta)中の文字列をparam1で区切った結果をリスト形式でhogeに格納
hoge2 <- unlist(lapply(hoge, "[[", param2))#hogeのリスト中の(param2)番目の要素(これがこれがバージョン番号つきのRefSeq IDに相当)を抽出してhoge2に格納
hoge3 <- strsplit(hoge2, param3, fixed=TRUE)#hoge2中の文字列をparam3で区切った結果をリスト形式でhoge3に格納
hoge4 <- unlist(lapply(hoge3, "[[", param4))#hoge3のリスト中の(param4)番目の要素(これがRefSeq IDのバージョン部分以外に相当)を抽出してhoge4に格納
names(fasta) <- hoge4                  #names(fasta)の中身をhoge4で置換
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "TAIR10_chr_all.fas"           #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge6.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- c("Chr1","Chr2","Chr3","Chr4","Chr5","ChrM","ChrC")#置換したい文字列を指定

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
names(fasta) <- param                  #names(fasta)の中身をparamで置換
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "SRR037439.fastq"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fastq")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです
	

in_f <- "SRR037439.fastq"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fastq <- readFastq(in_f)               #in_fで指定したファイルの読み込み
fastq                                  #確認してるだけです

showClass("ShortReadQ")                #ShortReadQ"というクラスのオブジェクトからどのように情報を取得するかを調べたい場合
sread(fastq)                           #塩基配列情報を表示
quality(fastq)                         #quality情報を表示
id(fastq)                              #description情報を表示
	

in_f <- "SRR037439.fastq"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fastq <- readFastq(in_f)               #in_fで指定したファイルの読み込み
id(fastq)                              #description情報を表示

#前処理
hoge <- strsplit(as.character(id(fastq)), " ", fixed=TRUE)#id(fasta)中の文字列を" "で区切った結果をリスト形式でhogeに格納
description <- BStringSet(sapply(hoge,"[[", 1))#hogeのリスト中の一番目の要素のみ取り出してdescriptionに格納

#本番
fastq <- ShortReadQ(sread(fastq), quality(fastq), description)#ReadFastQ関数を用いてReadFastQというクラスオブジェクトを一から作成したものをfastqに格納
id(fastq)                              #description情報を表示

#ファイルに保存
writeFastq(fastq, out_f)               #fastqの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "SRR037439.fastq"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fastq <- readFastq(in_f)               #in_fで指定したファイルの読み込み
id(fastq)                              #description情報を表示

#前処理
hoge <- strsplit(as.character(id(fastq)), " ", fixed=TRUE)#id(fastq)中の文字列を" "で区切った結果をリスト形式でhogeに格納
description <- BStringSet(sapply(hoge,"[[", 1))#hogeのリスト中の一番目の要素のみ取り出してdescriptionに格納

#本番
fastq <- ShortReadQ(sread(fastq), quality(fastq), description)#ReadFastQ関数を用いてReadFastQというクラスオブジェクトを一から作成したものをfastqに格納
id(fastq)                              #description情報を表示

#ファイルに保存
writeFastq(fastq, out_f)               #fastqの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "kkk"                         #FASTA形式ファイルのdescription行に記述する内容を指定

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
colClasses <- c(rep(list(NULL), 4), "DNAString")#DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。最初の4列には"NULL"を、最後の5列目には"DNAString"というベクトルを作成してcolClassesに格納している
fasta <- readXStringColumns(getwd(), pattern="", colClasses = colClasses)[[1]]#colClassesで指定した列（この場合5列目）をreadXStringColumns関数を用いて読み込むことでXStringSetオブジェクト（この場合"X"は"DNA"に相当）にした結果をfastaに格納
names(fasta) <- paste(param, 1:length(fasta), sep="_")#(multi-)FASTA形式のdescription部分を作成している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "kkk"                        #FASTA形式ファイルのdescription行に記述する内容
param2 <- "s_1_.*_seq.txt"             #"s_1_*_seq.txt"という感じのファイル名のものを読み込みたい場合("."の有無に注意！！)

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
files <- list.files(getwd(), pattern=param2)#param2で指定した正規表現にマッチする文字列を含むファイルのリストをfilesに格納
strsplit(readLines(files[[1]],1), "\t")#filesで読み込んだファイルのリストについて、最初のファイルの一行目をタブで区切って表示させているだけ。5列目のデータが塩基配列情報だということを確認しているにすぎない。
colClasses <- c(rep(list(NULL), 4), "DNAString")#DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。最初の4列には"NULL"を、最後の5列目には"DNAString"というベクトルを作成してcolClassesに格納している
fasta <- readXStringColumns(getwd(), pattern=param2, colClasses=colClasses)[[1]]#colClassesで指定した列（この場合5列目）をreadXStringColumns関数を用いて読み込むことでXStringSetオブジェクト（この場合"X"は"DNA"に相当）にした結果をfastaに格納
names(fasta) <- paste(param1, 1:length(fasta), sep="_")#(multi-)FASTA形式のdescription部分を作成している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

param1 <- "kkk"                        #description行に記述する内容を指定

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
colClasses <- rep(list(NULL), 11)      #DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。初期値として全11列に"NULL"を与えている
colClasses[9] <- c("DNAString")        #9列目が"DNAString"だという情報を与えている
fasta <- readXStringColumns(getwd(), pattern="", colClasses = colClasses)[[1]]#colClassesで指定した列を読み込んでXStringSetオブジェクトにした結果をfastaに格納

#後処理(description部分を追加)
names(fasta) <- paste(param1, 1:length(fasta), sep="_")#description部分を作成している
fasta                                  #確認してるだけです
	

param1 <- "kkk"                        #description行に記述する内容

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
colClasses <- rep(list(NULL), 11)      #DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。初期値として全11列に"NULL"を与えている
colClasses[9:10] <- c("DNAString", "BString")#DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。9, 10列目がそれぞれ"DNAString", "BString"だという情報を与えている
hoge <- readXStringColumns(getwd(), pattern="", colClasses = colClasses)#colClassesで指定した列を読み込んでXStringSetオブジェクトにした結果をhogeに格納

#前処理(description部分を作成)
description <- paste(param1, 1:length(hoge[[1]]), sep="_")#description部分を作成している
description <- BStringSet(description) #型変換をしている

#本番(FASTQ形式のオブジェクトに変換)
fastq <- ShortReadQ(hoge[[1]], hoge[[2]], description)#ReadFastQ関数を用いてReadFastQというクラスオブジェクトを一から作成したものをfastqに格納
sread(fastq)                           #配列情報を表示
quality(fastq)                         #quality情報を表示
id(fastq)                              #description情報を表示
	

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
colClasses <- rep(list(NULL), 11)      #DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。初期値として全11列に"NULL"を与えている
colClasses[c(3:6,9:11)] <- c("BString","BString","BString","BString","DNAString", "BString", "BString")#DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。例えば9列目が"DNAString"だという情報を与えている
hoge <- readXStringColumns(getwd(), pattern="", colClasses=colClasses)#colClassesで指定した列を読み込んでXStringSetオブジェクトにした結果をhogeに格納

#前処理(description部分を作成)
description <- paste(hoge[[1]], hoge[[2]], hoge[[3]], hoge[[4]], hoge[[7]], sep=":")#description部分を作成している
description <- BStringSet(description) #型変換をしている

#本番(FASTQ形式のオブジェクトに変換)
fastq <- ShortReadQ(hoge[[5]], hoge[[6]], description)#ReadFastQ関数を用いてReadFastQというクラスオブジェクトを一から作成したものをfastqに格納
sread(fastq)                           #配列情報を表示
quality(fastq)                         #quality情報を表示
id(fastq)                              #description情報を表示
	

in_f <- "sample_RNAseq1.bam"           #入力ファイル名を指定してin_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(GenomicRanges)                 #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
hoge <- readGAlignments(in_f)          #BAM形式ファイルを読み込んだ結果をhogeに格納
hoge <- as.data.frame(hoge)            #データフレーム形式に変換

#本番(BED形式ファイルの最初の3列分に相当する情報を抽出)
tmp <- hoge[, c("seqnames","start","end")]#必要な列の情報のみ抽出した結果をtmpに格納

#ファイルに保存
out_f <- sub(".bam", ".bed", in_f)     #BED形式ファイル名を作成した結果をout_fに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F, col.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample_RNAseq1.bam"           #入力ファイル名を指定してin_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Rsamtools)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
param_what <- c("rname", "pos", "qwidth", "strand")#左記の情報のみ読み込むという指令をparam_whatに格納
param_flag <- scanBamFlag(isUnmappedQuery=FALSE)#mappedされたもののみ読み込むという指令をparam_flagに格納
param_bam <- ScanBamParam(what=param_what, flag=param_flag)#BAM形式ファイルを読み込んだ結果をhogeに格納
hoge <- scanBam(in_f, param=param_bam)[[1]]#BAM形式ファイルを読み込んだ結果をhogeに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(as.character(hoge$rname), #BED形式ファイルの1列目に相当する情報と
            hoge$pos,                  #BED形式ファイルの2列目に相当する情報と
            (hoge$qwidth+hoge$pos-1))  #BED形式ファイルの3列目に相当する情報を列方向で結合した結果をtmpに格納
out_f <- sub(".bam", ".bed", in_f)     #BED形式ファイル名を作成した結果をout_fに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F, col.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "SRR037439.fastq"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fastq")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample2.fastq"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fastq")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample2.fastq"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fastq <- readFastq(in_f)               #in_fで指定したファイルの読み込み
sread(fastq)                           #配列情報を表示

#本番
fasta <- sread(fastq)                  #fastqの配列情報部分をfastaに格納
names(fasta) <- id(fastq)              #description情報部分をfastaに追加
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "NM_138957.gbk"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(seqinr)                        #パッケージの読み込み

#本番
gb2fasta(source.file=in_f, destination.file=out_f)#in_fで指定したファイルを読み込んでout_fで指定したファイルで出力
	

out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- "kkk"                        #description行に記述する内容

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
colClasses <- rep(list(NULL), 11)      #DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。初期値として全11列に"NULL"を与えている
colClasses[9] <- c("DNAString")        #9列目が"DNAString"だという情報を与えている
fasta <- readXStringColumns(getwd(), pattern="", colClasses = colClasses)[[1]]#colClassesで指定した列を読み込んでXStringSetオブジェクトにした結果をfastaに格納
names(fasta) <- paste(param1, 1:length(fasta), sep="_")#description部分を作成している
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
colClasses <- rep(list(NULL), 11)      #DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。初期値として全11列に"NULL"を与えている
colClasses[c(3:6,9:11)] <- c("BString","BString","BString","BString","DNAString", "BString", "BString")#DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。例えば9列目が"DNAString"だという情報を与えている
hoge <- readXStringColumns(getwd(), pattern="", colClasses=colClasses)#colClassesで指定した列を読み込んでXStringSetオブジェクトにした結果をhogeに格納

#前処理(description部分を作成)
description <- paste(hoge[[1]], hoge[[2]], hoge[[3]], hoge[[4]], hoge[[7]], sep=":")#description部分を作成している
description <- BStringSet(description) #型変換をしている

#本番(FASTA形式のオブジェクトに変換)
fasta <- hoge[[5]]                     #配列情報部分をfastaに格納
names(fasta) <- description            #description情報部分をfastaに追加
fasta                                  #確認してるだけです

#ファイルに保存
writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
colClasses <- rep(list(NULL), 11)      #DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。初期値として全11列に"NULL"を与えている
colClasses[c(3:6,9:11)] <- c("BString","BString","BString","BString","DNAString", "BString", "BString")#DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。例えば9列目が"DNAString"だという情報を与えている
hoge <- readXStringColumns(getwd(), pattern="", colClasses=colClasses)#colClassesで指定した列を読み込んでXStringSetオブジェクトにした結果をhogeに格納

#前処理(description部分を作成)
description <- paste(hoge[[1]], hoge[[2]], hoge[[3]], hoge[[4]], hoge[[7]], sep=":")#description部分を作成している
description <- BStringSet(description) #型変換をしている

#本番(FASTQ形式のオブジェクトに変換)
fastq <- ShortReadQ(hoge[[5]], hoge[[6]], description)#ReadFastQ関数を用いてReadFastQというクラスオブジェクトを一から作成したものをfastqに格納
sread(fastq)                           #配列情報を表示
quality(fastq)                         #quality情報を表示
id(fastq)                              #description情報を表示

#ファイルに保存
writeFastq(fastq, out_f)               #fastqの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "/2"                          #description行に追加したい情報を格納

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
colClasses <- rep(list(NULL), 11)      #DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。初期値として全11列に"NULL"を与えている
colClasses[c(3:6,9:11)] <- c("BString","BString","BString","BString","DNAString", "BString", "BString")#DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。例えば9列目が"DNAString"だという情報を与えている
hoge <- readXStringColumns(getwd(), pattern="", colClasses=colClasses)#colClassesで指定した列を読み込んでXStringSetオブジェクトにした結果をhogeに格納

#前処理(description部分を作成)
description <- paste(hoge[[1]], hoge[[2]], hoge[[3]], hoge[[4]], hoge[[7]], sep=":")#description部分を作成している
description <- BStringSet(paste(description, param, sep=""))#paramで指定した記述内容を追加している

#本番(FASTQ形式のオブジェクトに変換)
fastq <- ShortReadQ(hoge[[5]], hoge[[6]], description)#ReadFastQ関数を用いてReadFastQというクラスオブジェクトを一から作成したものをfastqに格納
sread(fastq)                           #配列情報を表示
quality(fastq)                         #quality情報を表示
id(fastq)                              #description情報を表示

#ファイルに保存
writeFastq(fastq, out_f)               #fastqの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
colClasses <- rep(list(NULL), 11)      #DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。初期値として全11列に"NULL"を与えている
colClasses[c(3:6,9:11)] <- c("BString","BString","BString","BString","DNAString", "BString", "BString")#DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。例えば9列目が"DNAString"だという情報を与えている
hoge <- readXStringColumns(getwd(), pattern="", colClasses=colClasses)#colClassesで指定した列を読み込んでXStringSetオブジェクトにした結果をhogeに格納

#前処理(description部分を作成)
description <- paste(hoge[[1]], hoge[[2]], hoge[[3]], hoge[[4]], hoge[[7]], sep=":")#description部分を作成している
description <- BStringSet(description) #型変換をしている

#本番(Illumina qualityスコアをSanger qualityスコアに変換)
qscore <- hoge[[6]]                    #readのquality情報部分をqscoreに格納
for(i in 64:126){                      #Illumina ASCIIコードの64-126の範囲をSanger ASCIIコードの33-95に変換するループ
   qscore <- chartr(rawToChar(as.raw(i)), rawToChar(as.raw(i - 31)), qscore)#qscore中の文字列を置換(as.raw関数で整数をASCIIコードに変換し、rawToChar関数でASCIIコードをASCII文字に変換しています)
}

#後処理(FASTQ形式のオブジェクトに変換)
fastq <- ShortReadQ(hoge[[5]], qscore, description)#ReadFastQ関数を用いてReadFastQというクラスオブジェクトを一から作成したものをfastqに格納
sread(fastq)                           #配列情報を表示
quality(fastq)                         #quality情報を表示
id(fastq)                              #description情報を表示

#ファイルに保存
writeFastq(fastq, out_f)               #fastqの中身を指定したファイル名で保存
	

out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param <- "/2"                          #description行に追加したい情報を格納

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
colClasses <- rep(list(NULL), 11)      #DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。初期値として全11列に"NULL"を与えている
colClasses[c(3:6,9:11)] <- c("BString","BString","BString","BString","DNAString", "BString", "BString")#DNAStringSetというオブジェクト形式にするための情報を予め作成している。例えば9列目が"DNAString"だという情報を与えている
hoge <- readXStringColumns(getwd(), pattern="", colClasses=colClasses)#colClassesで指定した列を読み込んでXStringSetオブジェクトにした結果をhogeに格納

#前処理(description部分を作成)
description <- paste(hoge[[1]], hoge[[2]], hoge[[3]], hoge[[4]], hoge[[7]], sep=":")#description部分を作成している
description <- BStringSet(paste(description, param, sep=""))#paramで指定した記述内容を追加している

#本番(Illumina qualityスコアをSanger qualityスコアに変換)
qscore <- hoge[[6]]                    #readのquality情報部分をqscoreに格納
for(i in 64:126){                      #Illumina ASCIIコードの64-126の範囲をSanger ASCIIコードの33-95に変換するループ
   qscore <- chartr(rawToChar(as.raw(i)), rawToChar(as.raw(i - 31)), qscore)#qscore中の文字列を置換(as.raw関数で整数をASCIIコードに変換し、rawToChar関数でASCIIコードをASCII文字に変換しています)
}

#後処理(FASTQ形式のオブジェクトに変換)
fastq <- ShortReadQ(hoge[[5]], qscore, description)#ReadFastQ関数を用いてReadFastQというクラスオブジェクトを一から作成したものをfastqに格納
sread(fastq)                           #配列情報を表示
quality(fastq)                         #quality情報を表示
id(fastq)                              #description情報を表示

#ファイルに保存
writeFastq(fastq, out_f)               #fastqの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "SRR037439.fastq"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fastq <- readFastq(in_f)               #in_fで指定したファイルの読み込み

#本番(PHREDスコアに変換)
out <- as(quality(fastq), "matrix")    #ASCIIコードのquality scoreをPHRED scoreに変換し、データ構造をmatrixにした結果をoutに格納
dim(out)                               #行数と列数を確認しているだけ
colnames(out) <- 1:ncol(out)           #列名を付与
rownames(out) <- as.character(id(fastq))#行名を付与

#ファイルに保存
tmp <- cbind(rownames(out), out)       #outの左側に行名を結合した結果をtmpに格納
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "SRR037439.fastq"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fastq <- readFastq(in_f)               #in_fで指定したファイルの読み込み

#本番(PHREDスコアに変換)
out <- as(quality(fastq), "matrix")    #ASCIIコードのquality scoreをPHRED scoreに変換し、データ構造をmatrixにした結果をoutに格納
dim(out)                               #行数と列数を確認しているだけ
colnames(out) <- 1:ncol(out)           #列名を付与
rownames(out) <- as.character(id(fastq))#行名を付与

#本番(boxplot)
boxplot(as.data.frame(out), outline=FALSE, xlab="cycle number", ylab="PHRED score")#outをdata.frame形式にしてboxplotを描画(outline=FALSEの意味は、外れ値を描画しない、です。)
	

in_f <- "SRR037439.fastq"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.png"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param_fig <- c(600, 400)               #ファイル出力時の横幅と縦幅を指定(単位はピクセル)

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fastq <- readFastq(in_f)               #in_fで指定したファイルの読み込み

#本番(PHREDスコアに変換)
out <- as(quality(fastq), "matrix")    #ASCIIコードのquality scoreをPHRED scoreに変換し、データ構造をmatrixにした結果をoutに格納
dim(out)                               #行数と列数を確認しているだけ
colnames(out) <- 1:ncol(out)           #列名を付与
rownames(out) <- as.character(id(fastq))#行名を付与

#ファイルに保存
png(out_f, pointsize=13, width=param_fig[1], height=param_fig[2])#出力ファイルの各種パラメータを指定
boxplot(as.data.frame(out), outline=FALSE, xlab="cycle number", ylab="PHRED score")#outをdata.frame形式にしてboxplotを描画(outline=FALSEの意味は、外れ値を描画しない、です。)
dev.off()                              #おまじない
	

in_f <- "sample2.fasta"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(Biostrings)                    #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み
fasta                                  #確認してるだけです

#本番
out <- table(width(fasta))             #長さごとの出現頻度情報を得た結果をoutに格納
out                                    #確認してるだけです

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "sample2.fastq"                #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fastq <- readFastq(in_f)               #in_fで指定したファイルの読み込み
sread(fastq)                           #配列情報を表示

#本番
out <- table(width(fastq))             #長さごとの出現頻度情報を得た結果をoutに格納
out                                    #確認してるだけです

#ファイルに保存
write.table(out, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#outの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "SRR037439.fastq"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge.txt"                    #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 20                           #PHREDスコアの閾値を指定
param2 <- "N"                          #置換後の文字を指定

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fastq <- readFastq(in_f)               #in_fで指定したファイルの読み込み
sread(fastq)                           #配列情報を表示

#本番
hoge1 <- as(quality(fastq), "matrix")  #ASCIIコードのquality scoreをPHRED scoreに変換し、データ構造をmatrixにした結果をhoge1に格納
obj <- hoge1 < param1                  #条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
hoge2 <- DNAString(paste(rep(param2, max(width(fastq))), collapse=""))#「最長配列の長さ」で「全ての塩基がparam2で指定した文字」からなるDNAStringオブジェクトを作成してhoge2に格納
hoge3 <- as(Views(hoge2, start=1, end=rowSums(obj)), "DNAStringSet")#rowSums(at)で各リードごとのPHREDスコアが閾値未満の塩基数がわかるので、その塩基数分からなるparam2の文字のDNAStringSetオブジェクトを作成してhoge3に格納
fasta <- replaceLetterAt(sread(fastq), obj, hoge3)#objがTRUEの位置の塩基をhoge3中の塩基で置換した結果をfastaに格納
fastq <- ShortReadQ(fasta, quality(fastq), id(fastq))#ReadFastQ関数を用いてReadFastQというクラスオブジェクトを一から作成したものをfastqに格納
sread(fastq)                           #配列情報を表示

#ファイルに保存
writeFastq(fastq, out_f)               #fastqの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "SRR037439.fastq"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge1.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 20                           #PHREDスコアの閾値を指定
param2 <- 0.1                          #指定した閾値未満のものが配列長に占める割合を指定

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fastq <- readFastq(in_f)               #in_fで指定したファイルの読み込み
sread(fastq)                           #配列情報を表示

#本番
hoge <- as(quality(fastq), "matrix")   #ASCIIコードのquality scoreをPHRED scoreに変換し、データ構造をmatrixにした結果をhogeに格納
obj <- (rowSums(hoge < param1) <= width(fastq)*param2)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fastq <- fastq[obj]                    #objがTRUEとなる要素のみ抽出した結果をfastqに格納
sread(fastq)                           #配列情報を表示

#ファイルに保存
writeFastq(fastq, out_f)               #fastqの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "SRR037439.fastq"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge2.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 20                           #PHREDスコアの閾値を指定
param2 <- 0.9                          #指定した閾値以上の塩基数の配列長に占める割合を指定

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fastq <- readFastq(in_f)               #in_fで指定したファイルの読み込み
sread(fastq)                           #配列情報を表示

#本番
hoge <- as(quality(fastq), "matrix")   #ASCIIコードのquality scoreをPHRED scoreに変換し、データ構造をmatrixにした結果をhogeに格納
obj <- (rowSums(hoge >= param1) > width(fastq)*param2)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fastq <- fastq[obj]                    #objがTRUEとなる要素のみ抽出した結果をfastqに格納
sread(fastq)                           #配列情報を表示

#ファイルに保存
writeFastq(fastq, out_f)               #fastqの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "SRR037439.fastq"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge3.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 20                           #PHREDスコアの閾値を指定

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fastq <- readFastq(in_f)               #in_fで指定したファイルの読み込み

#本番
hoge <- as(quality(fastq), "matrix")   #ASCIIコードのquality scoreをPHRED scoreに変換し、データ構造をmatrixにした結果をhogeに格納
obj_num <- rowSums(hoge >= param1)     #param1で指定した条件を満たすリードごとの塩基数をobj_numに格納
obj_percent <- 100*obj_num/width(fastq)#obj_num中の塩基数をパーセンテージに変換したものをobj_percentに格納

#後処理(description行をシンプルにしている)
hoge <- strsplit(as.character(id(fastq)), " ", fixed=TRUE)#id(reads)中の文字列を" "で区切った結果をリスト形式でhogeに格納
description <- sapply(hoge,"[[", 1)    #hogeのリスト中の一番目の要素のみ取り出してdescriptionに格納

#ファイルに保存
tmp <- cbind(description, width(fastq), obj_num, obj_percent)#「description」、「配列長」、「閾値を満たす塩基数」、「その割合」を列方向に結合したものをtmpに格納
colnames(tmp) <- c("description", "read_length", "nucleotide_number", "percentage")#列名を付与
write.table(tmp, out_f, sep="\t", append=F, quote=F, row.names=F)#tmpの中身を指定したファイル名で保存
	

in_f <- "SRR037439.fastq"              #入力ファイル名を指定してin_fに格納
out_f <- "hoge4.txt"                   #出力ファイル名を指定してout_fに格納
param1 <- 20                           #PHREDスコアの閾値を指定
param2 <- 0.8                          #指定した閾値未満のものが配列長に占める割合を指定

#必要なパッケージをロード
library(ShortRead)                     #パッケージの読み込み

#入力ファイルの読み込み
fastq <- readFastq(in_f)               #in_fで指定したファイルの読み込み
sread(fastq)                           #配列情報を表示

#本番
hoge <- as(quality(fastq), "matrix")   #ASCIIコードのquality scoreをPHRED scoreに変換し、データ構造をmatrixにした結果をhogeに格納
obj <- (rowSums(hoge < param1) <= width(fastq)*param2)#条件を満たすかどうかを判定した結果をobjに格納
fastq <- fastq[obj]                    #objがTRUEとなる要素のみ抽出した結果をfastqに格納
sread(fastq)                           #配列情報を表示

#ファイルに保存
writeFastq(fastq, out_f)               #fastqの中身を指定したファイル名で保存