東京大学グローバルCOEプログラム「学融合に基づく医療システムイノベーション（CMSI： Center for Medical System Innovation）」は、医療分野におけるイノベーションをグローバルな視点で牽引しうるリーダー人材の育成を目的とした新しい教育プログラムです。
医工薬融合領域における最先端の成果に関する講義だけでなく、成果の社会還元に関する講義、分野横断的な実習、企業や海外大学での長期間のインターンシッププログラム、ケーススタディーなどの実践的なカリキュラムを介し、各個人レベルでの知と経験の統合を目指します。

日本は超高齢・成熟社会に向かって世界の先頭を走り、人類未体験状況を受け入れるための新たな社会システム構築を模索しています。特に医療関連分野は、健康で安心できる人生を望む国民の関心が集中するとともに、科学技術立国の中核産業としての期待が高く、世界リーダーとしての地位確立が最優先国家戦略と位置づけられています。今日、医療分野への先端科学技術の導入は加速の一途を辿っており、とりわけ、先端医療の究極目標である低侵襲診断・治療、分子標的創薬、再生医療の実現の鍵であるナノテクノロジー・ナノサイエンスに立脚した医療体系、すなわち、ナノメディシン確立の必要性が叫ばれています。ナノメディシンは、生体の機能や構造をナノスケールで理解するナノバイオロジー、生体の機能や構造に啓発されたシステムやデバイスを創成するナノエンジニアリング、上記のような知識やデバイスを用いて生体をナノスケールで操作して医療へと展開するナノマニピュレーションの三つの柱とその融合により実現されています。本拠点では、これら三本柱の強固な科学・技術的基盤を既に持っており、その一層の促進を通じて成果の社会還元を先導する人材を育成します。その際、先端科学・技術が社会において、ときに期待のみならず不安を惹起することも十分理解し、象牙の塔に籠もって独善的になることなく、社会との接点を十分考慮してバランスのとれた推進を行います。
従って、本拠点では医工薬が緊密に連携する世界最先端の研究開発および先端医療を推進している現場に確固たる軸足を置きつつ、多様な事業化・産業の生の姿や現実の社会での経験を積む機会を提供する体制を形成します。この体制を最大限活用して、先端医療システム実現のための複合的分野を科学として統合するとともに、教育体制を構築して当該分野を先導する国際的人材を育成します。育成された人材は、ナノメディシンに代表される先端科学技術を理解・推進・評価できる力量とともに、社会・経済・経営にも広い視野を持ち、社会を先導して、先端科学技術が新たに実用化・産業化される道を切り拓くことが期待されます。